ICS 65.020.30 CCS NAASS 0311 宁夏回 族 自 治 区 农 学 会 团体标准 T/NAASS 013—2022 荷斯坦青年母牛全基因组选择技术规程 Code of practice for genomic selection of Holstein heifers （报批稿） 在提交反馈意见时，请将您知道的相关专利连同支持性文件一并附上。 2022 - 11 - 11发布 2022 - 12 - 15实施 宁夏回族自治区农学会 发布 全国团体标准信息平台 T/NAASS 013 —2022 I 前言 本文件按照 GB/T 1.1 —2020《标准化工作导则 第1部分：标准化文件的 结构和起草规则》的规定 起草。 专利免责声明：本文件的 某些内容可能涉及专利 ，本文件的发布机构不承担识别专利的责任。 本文件由宁夏回族自治区科技厅提出。 本文件由宁夏回族自治区农学会归口。 本文件起草单位：宁夏回族自治区畜牧工作站、宁夏会自治区兽药饲料监察所、中国农业大学、宁 夏大学、宁夏农垦乳业股份有限公司、贺兰中地生态牧场有限公司。 本文件主要起草人：田佳、王雅春、张毅、侯丽娥、马苗苗、温万、徐寒、苏海鸣、邵怀峰、秦春 华、李艳艳、顾亚玲、郝峰、张艳梅、张伟新、李委奇、王琨、路婷婷、刘维华、张宇、脱征军、厉龙、 朱继红、毛春春、周佳敏、刘超、虎雪姣、任宇佳。 全国团体标准信息平台 T/NAASS 013 —2022 1 荷斯坦牛青年母牛全基因组选择技术规程 1 范围 本文件规定了宁夏荷斯坦牛青年母牛全基因组选择的术语和定义、 基因组选择平台构建和基本流程 等。 本文件适用于宁夏规模奶牛场荷斯坦青年母牛全基因组选择及核心群组建。 2 规范性引用文件 下列文件中的内容通过文中的规范性引用而构成本文件必不可少的条款。 其中， 注日期的引用文件， 仅该日期对应的版本适用于本文件；不注日期的引用文件，其最新版本（包括所有的修改单）适用于本 文件。 GB/T 3157 中国荷斯坦牛 GB/T 40184 畜禽基因组选择育种技术规程 GB/T 35568 中国荷斯坦牛体型鉴定技术规程 GB/T 35569 中国荷斯坦牛公牛后裔测定技术规程 NY/T 1450 中国荷斯坦牛生产性能测定技术规范 NY/T 1673 畜禽微卫星 DNA遗传多样性检测技术规程 3 术语和定义 下列术语和定义适用于本文件 。 3.1 荷斯坦牛青年母牛 holstein heifer 指从断奶至第一次分娩的荷斯坦牛。 3.2 系谱 pedigree 用来记录牛只出生日期及其祖先信息的家系档案，包括牛只编号、性别、出生日期、父亲、母亲、 祖父、祖母、外祖父和外祖母等信息。 3.3 表型 phenotype 具有特定基因型的个体，在一定环境条件下，所表现出来的性状特征。应与某一具体性状相关联。 3.4 基因型 genotype DNA双螺旋结构上， 不同碱基 （ A/T/G/C） 的核苷酸排列顺序在 DNA的某一段落上构成某个功能片段， 即是基因，全部基因组合的总称为基因型。 3.5 生产性能测定 dairy herd improvement 每月一次测定并记录泌乳牛的产奶量，采集 其全天挤奶的混合样测定乳成分、体细胞和尿素氮等性 能与健康指标，结合胎次及每月产犊、干奶、淘汰、繁殖等牛群变动信息，经专用软件分析处理后形成 分析报告，用来指导牛场生产管理和育种工作。 全国团体标准信息平台 T/NAASS 013 —2022 2 [来源： DB/T 1014 -2014，3.1，有修改 ] 3.6 体型鉴定 type classification 针对荷斯坦牛青年母牛个体体型性状，按生物学特性的变异范围，定出性状的最大值和最小值，然 后以线性的尺度进行评分的方法。 [来源： GB/T 35568 -2017，3.1，有修改 ] 3.7 基因组参考群 genomic reference population 由既有基因型信息又有表型信息的个体所组成的，用来估算候选群体基因组育种值的群体。 3.8 系谱育种值 pedigree breeding value 根据个体亲代估计育种值估算的个体育种值，常用计算公式：系谱育种值 =（父亲育种值 *0.5+外祖 父育种值 *0.25）/0.75。 3.9 基因组候选群 genomic candidate population 由具备基因型、有待预测基因组育种值的个体组成的群体。 3.10 遗传评估 genetic and genomic estimat ion 通过数量遗传学方法和统计学模型估计个体育种目标性状的加性遗传效应的过程， 是奶牛种用价值 的主要评价方法和技术手段。 3.11 基因组选择 genomic selection 利用覆盖全基因组的遗传标记预测畜禽个体育种值， 从而实现根据个体预测育种值对个体进行早期 选择的方法。 [来源： GB/T 40184 -2021，3.1，有修改 ] 3.12 常规育种值 traditional estimated breeding value 使用常规遗传评估方法 ,如基于最佳线性无偏预测（ BLUP）的动物模型，利用系谱信息和表型记录 估计的个体加性遗传效应（ EBV）。 3.13 基因组育种值 genomic estimated breeding value 基于基因组参考群个体的基因型和表型信息， 对仅有基因型信息的个体应用基因组遗传评估方法预 测的育种值称为直接遗传值 (DGV)，DGV与缘于常规遗传评估的系谱指数加权后求和获得基因组育种值 （GEBV）。 4 基因组选择平台构建 具体构建流程参照 GB/T 40184 规定执行。 全国团体标准信息平台 T/NAASS 013 —2022 3 4.1 参考群组建 本标准参照中国荷斯坦牛基 因组选择技术平台组建参考群，包括母牛、验证公牛的个体单核苷酸多 态性（SNP）基因型和产奶、体细胞、体型等 30个性状的估计育种值信息。一般个体 SNP基因型信息采用 商用芯片进行测定，包括均匀覆盖基因组的 5万个SNP以上。 4.2 表型测定 体型鉴定按照 GB/T 3556 规定执行； 后裔测定按照 GB/T 35569 规定执行； 生产性能测定按照 NY/T 1450 规定执行。 4.3 构建预测方程 基于基因组信息的最佳无偏线性估计（ GBLUP）方法，利用 SNP基因型信息和估计育种值构建预测方 程，被预测个体应具备 SNP基因型信息 。 4.4 综合育种值排名 根据中国奶牛基因组选择性能指数（ Genomic China Performance Index, GCPI ）公式，计算青年 母牛的基因组综合育种值，并根据综合育种值大小对青年母牛进行排序，选出综合育种值排名靠前的青 年母牛组建核心群。 GCPI的计算公式如下： 式中：GEBVFat、GEBVProt 、GEBVSCS、GEBVType 、GEBVMS、GEBVFL分别是乳脂量、乳蛋白量、体细 胞评分、体型总分、泌乳系统评分、肢蹄评分性状的合并基因组估计育种值，分母是相应性状估计育种 值的标准差。 5 基本流程 5.1 筛选基因组及候选群个体选择 5.1.1 依据荷斯坦奶牛生产性能测定（ DHI）、体型鉴定数据库，进行遗传评估后利用中国奶牛性能指 数（CPI）排名，筛选 CPI排名前25 %母牛的女儿。 5.1.2 依据荷斯坦牛 DHI记录筛选 305 d产奶量、乳脂量和乳蛋白量排名前 25 %，体型鉴定评分 82 分以上母牛的女儿。 5.1.3 依据荷斯坦牛系谱育种值排队，筛选排名前 25 %的青年母牛。 5.1.4 经基因组检测，筛选单项或综合选择指数的基因组育种值排名前列的荷斯坦青年母牛所繁育的 女儿。 5.2 样品采集 5.2.1 血样采集 颈静脉或牛尾静脉采血，采集 3 mL左右血样放入含有抗凝剂的 5ml采血管中。取 1ml左右抗凝血在血 斑卡上均匀涂抹约直径为 2cm的面积，其余血样在 -20℃冻存备用。 5.2.2 毛囊采样 从奶牛尾根处采集牛毛，拔取被毛 20根～30根（所拔的牛毛根部必须带有白色毛囊），放入毛囊采 集卡或者毛囊采集管中。 5.2.3 样品的储藏与运输 血液样品采集和运输过程中需保持 2℃～8℃，可使用冰袋或干冰，密封于保温泡沫盒中。 毛囊样品或血斑卡采用常温方式邮寄，样品四周用防震塑料泡沫填充泡沫箱即可。 全国团体标准信息平台 T/NAASS 013 —2022 4 5.3 DNA提取 所提取的 DNA应符合基因芯片或测序对样品质量和数量的要求。 DNA提取方法按照 NY/T 1673 的规定 执行。 5.4 基因型测定 采用全基因组 SNP芯片或基因组测序的方法，对所采集的生物样品进行基因分型。 5.5 表型信息整理 收集整理测定牛只的系谱信息、母亲的体型鉴定及各胎次生产性能测定数据。 5.6 基因