(19)国家知识产权局 (12)发明 专利申请 (10)申请公布号 (43)申请公布日 (21)申请 号 202210630426.X (22)申请日 2022.06.06 (71)申请人 安徽医科 大学第一附属医院 地址 230022 安徽省合肥市蜀山区绩溪路 218号 (72)发明人 王芳　邹延峰　胡定涛　滕影　 宗启群　胡皖琴　 (74)专利代理 机构 合肥天明专利事务所(普通 合伙) 34115 专利代理师 张梦媚 (51)Int.Cl. C12Q 1/6886(2018.01) C12Q 1/6869(2018.01) C12N 15/11(2006.01) (54)发明名称 用于预测胃癌化疗疗效的甲基化CpG位点、 检测试剂盒及用途 (57)摘要 本发明公开了用于预测胃癌化疗疗效的甲 基化CpG位点、 检测试剂盒及用途。 本发明提供了 用于预测胃癌化疗疗效的甲基化CpG位点， 采用 这些甲基化CpG位点中的任意一种或两种以上的 组合作为生物标志物， 通过检测患者外周血白细 胞中甲基化CpG位点的甲基化水平， 从而预测胃 癌化疗疗效。 本发明还提供了基于这些甲基化 CpG位点、 其扩增引物和接头引物等设计的用于 预测胃癌化疗疗效的检测试剂盒和系统， 通过该 检测试剂和系统能够有效的对相应甲基化CpG位 点的甲基化水平进行检测， 从而预测胃癌化疗疗 效， 为胃癌患者个体化治疗提供新的思路和方 法。 权利要求书2页 说明书15页 序列表9页 CN 115094137 A 2022.09.23 CN 115094137 A 1.用于预测胃癌化疗疗效的甲基化CpG位点， 其特征在于， 所述甲基化CpG位点源自目 标基因H19和/或MALAT1， 所述甲基化CpG位点选自以下所述的甲基化CpG位点中的任何一种 或两种以上的组合作为生物标志物： chr11:2018130、 chr11:2018096、 chr11:2018085、 chr11:2018082、 chr11:2018019、 chr11:2018003、 chr11:2017925、 chr11:2017920、 chr11: 2017916、 chr11:2017855、 chr11:2017802、 chr11:2020030、 chr11:2020036、 chr11: 65263453、 chr11:65263469、 chr11:65265002、 chr11:65264972。 2.一种检测甲基化CpG位点的甲基化水平的试剂在制备预测胃癌 化疗疗效的检测试剂 盒中的用途， 其特征在于， 所述甲基化CpG位点源自目标基因H19和/或MALAT1， 所述甲基化 CpG位点选自以下所述的甲基化CpG位点中的任何一种或两种以上的组合作为生物标志物： chr11:2018130、 chr11:2018096、 chr11:2018085、 chr11:2018082、 chr11:2018019、 chr11: 2018003、 chr11:2017925、 chr11:2017920、 chr11:2017916、 chr11:2017855、 chr11: 2017802、 chr11:2020030、 chr11:2020036、 chr11:65263453、 chr11:65263469、 chr11: 65265002、 chr11:65264972。 3.如权利要求2所述的检测甲基化CpG位点的甲基化水平的试剂在制备预测胃癌化疗 疗效的检测试剂盒 中的用途， 其特征在于， 检测所述甲基化CpG位点的的甲基化水平的方法 包括以下步骤： 获取胃癌 患者的外周血作为待测样品， 提取外周血白细胞中的DNA； 重亚硫酸盐转 化提取的DNA样本， 目标片段多重PCR扩增反应； 在样本中添加特异性标签序列； 定量后上机测序； 根据测序数据生物信息学分析确定所述甲基化CpG位 点的甲基化水平。 4.如权利要求3所述的检测甲基化CpG位点的甲基化水平的试剂在制备预测胃癌化疗 疗效的检测试剂盒中的用途， 其特征在于， 所述的特异性标签序列由ATCACG、 CGATGT、 TTAGGC、 TGACCA、 ACAGTG、 GC CAAT、 CAGATC、 ACT TGA、 GATCAG、 TAGCT T、 GGCTAC和CT TGTA组成。 5.用于预测胃癌化疗疗效的检测试剂盒， 其特征在于， 所述检测试剂盒包括用于检测 甲基化CpG位点的甲基化水平的试剂， 其中， 所述甲基化CpG位点源自目标基因H19和/或 MALAT1， 所述甲基化CpG位点选自以下所述的甲基化CpG位点中的任何一种或两种以上的组 合作为生物标志物： chr11:2018130、 chr11:2018096、 chr11:2018085、 chr11:2018082、 chr11:2018019、 chr11:2018003、 chr11:2017925、 chr11:2017920、 chr11:2017916、 chr11: 2017855、 chr11:2017802、 chr11:2020030、 chr11:2020036、 chr11:65263453、 chr11: 65263469、 chr11:65265002、 chr11:65264972。 6.如权利要求5所述的检测试剂 盒， 其特征在于， 所述检测试剂 盒包括用于扩增所述甲 基化CpG位 点的引物和 测序文库构建的接 头引物。 7.如权利要求6所述的检测试剂盒， 其特征在于， 用于扩增所述的甲基化CpG位点 chr11:2018130和/或chr11:2018096和/或chr11:2018085和/或chr11:2018082和/或 chr11:2018019和/或chr11:2 018003的引物由SEQ  ID No.18和SEQ  ID No.19所示的引物序 列组成； 用于扩增所述的甲基化CpG位点chr11:2017925和/或chr11:2017920和/或chr11: 2017916和/或chr11:2 017855和/或chr11:2 017802的引物由SEQ  ID No.20和SEQ ID No.21权　利　要　求　书 1/2 页 2 CN 115094137 A 2所示的引物序列组成； 用于扩增所述的甲基化CpG位点chr11:2020030和/或chr11:2020036的引物由SEQ  ID  No.22和SEQ ID No.23所示的引物序列组成； 用于扩增所述的甲基化CpG位点chr11:65263453和/或chr11:65263469的引物由SEQ   ID No.24和SEQ  ID No.25所示的引物序列组成； 用于扩增所述的甲基化CpG位点chr11:65265002和/或chr11:65264972的引物由SEQ   ID No.26和SEQ  ID No.27所示的引物序列组成。 8.如权利要求6所述的检测试剂 盒， 其特征在于， 所述接头引物包括上游接头引物和含 有标签序列的下游接 头引物， 其中， 所述上游接 头引物的序列如SEQ  ID No.28所示； 所述下游接 头引物由SEQ  ID No.29‑SEQ ID No.40所示的引物序列组成。 9.预测胃癌化疗 疗效的系统， 其特 征在于， 包括： 获取模块， 所述获取模块用于获取甲基化CpG位 点的甲基化水平； 数据处理模块， 所述数据处理模块用于将甲基化CpG位点的甲基化水平与化疗疗效结 果进行统计学分析； 以及预测模块， 所述预测模块 根据甲基化CpG位 点的甲基化水平预测胃癌化疗 疗效； 其中， 所述的甲基化CpG位点源自目标基因H19和/或MALAT1， 所述甲基化CpG位点选自 以下所述的甲基化CpG位点中的任何一种或两种以上的组合作为生物标志物： chr11: 2018130、 chr11:2018096、 chr11:2018085、 chr11:2018082、 chr11:2018019、 chr11: 2018003、 chr11:2017925、 chr11:2017920、 chr11:2017916、 chr11:2017855、 chr11: 2017802、 chr11:2020030、 chr11:2020036、 chr11:65263453、 chr11:65263469、 chr11: 65265002、 chr11:65264972。 10.如权利要求9所述的预测胃癌化疗疗效的系统， 其特征在于， 所述数据处理模块用 于将甲基化CpG位点的甲基化水平与胃癌化疗疗效的结果进行统计分析， 并分析计算得到 比值比OR或风险 比HR； 将比值比OR或风险 比HR定义为甲基化水平每增加一个单位， 疾病进 展的风险增 加OR或HR倍； 其中， 胃癌化疗 疗效的结果 为进展或未进 展； 所述预测模块用于根据甲基化CpG位点的甲基化水平预测胃癌化疗疗效， 输出胃癌化 疗疗效预测结果具体为： 若 此位点所对应的OR或HR<1， 表明甲基化水平每增加一个单位， 疾 病进展的风险减小， 由此得出此位点高甲基化时， 预测胃癌的化疗疗效好； 若此位点对应的 OR或HR>1， 表明甲基化水平每增加一个单位， 疾病进展的风险增加， 由此得出此位点低甲基 化时， 预测胃癌的化疗 疗效好。权　利　要　求　书 2/2 页 3 CN 115094137 A 3