(19)国家知识产权局 (12)发明 专利申请 (10)申请公布号 (43)申请公布日 (21)申请 号 202211247252.5 (22)申请日 2022.10.12 (71)申请人 河北省畜牧良种工作总站 （河北省 种畜禽质量 监测站） 地址 050000 河北省石家庄市学府路7号 (72)发明人 张军辉　倪俊卿　刘剑锋　罗文学　 骆菲　郭彦军　段晓红　王贵江　 黄千千　何旭　韩杰　解冰辉　 刘廷玉　倪慧勇　袁明　辛英霞　 马军红　韩梅　杨帆　李元红　 和利民　李赛　张宇　刘振　周磊　 (74)专利代理 机构 北京超凡宏宇专利代理事务 所(特殊普通 合伙) 11463 专利代理师 王焕(51)Int.Cl. C12Q 1/6888(2018.01) C12N 15/11(2006.01) (54)发明名称 用于鉴别深县猪的SNP位点组合、 试剂盒及 应用 (57)摘要 本发明提供了用于鉴别深县猪的SNP位点组 合、 应用及所述SNP位点组合的筛选方法， 涉及分 子生物学技术领域。 所述SNP位点组合由10个SNP 位点组成。 应用这些SNP特征位点组合可将深县 猪从大白猪、 杜洛克猪、 蓝塘猪、 民猪和北 京黑猪 群体中鉴别出来。 权利要求书2页 说明书8页 附图2页 CN 115537471 A 2022.12.30 CN 115537471 A 1.用于鉴别深县猪的SNP位点组合， 其特征在于， 所述SNP位点组合由以下10个SNP位点 组成： SNP位点1： chr1:93005281位置的C或T， SNP位点2： chr1:2525 04281位置的C或G， SNP位点3： chr1:2876173位置的C或T， SNP位点4： chr2:11972846位置的A或G， SNP位点5： chr2:248512 24位置的C或T， SNP位点6： chr3:457393 62位置的A或G， SNP位点7： chr4:13264289位置的T或G， SNP位点8： chr9:111271153位置的C或T； SNP位点9： chr10:3286 345位置的C或T， 和 SNP位点10： chr10:15307369位置的C或G； 所述SNP位 点的位置是基于猪Sscrofa1 1.1参考基因组序列确定的。 2.用于检测权利要求1所述的SNP位点组合的试剂， 其特征在于， 所述试剂用于检测所 述SNP位点的单核苷 酸多态性； 优选地， 所述试剂包括用于扩增含 所述SNP位点的产物的PCR 引物。 3.用于检测权利要求1所述的SNP位点组合的基因芯片， 其特征在于， 所述基因芯片包 含检测所述SNP位 点的核苷酸探针； 优选地， 所述核苷酸探针固定在固体载体上。 4.权利要求1所述的SNP位点组合、 权利要求2所述的试剂或权利要求3所述的基因芯片 在猪品种鉴别和/或猪育种中的应用。 5.根据权利要求4所述的应用， 其特征在于， 所述猪品种鉴别包括鉴别深县猪与非深县 猪品种。 6.根据权利要求5所述的应用， 其特征在于， 所述非深县猪品种包括大白猪、 杜洛克猪、 北京黑猪、 蓝塘猪和民猪中的一种或多种。 7.一种基于权利要求1所述的SNP位点组合鉴别深县猪与大白猪、 杜洛克猪、 北京黑猪、 蓝塘猪和民猪的方法， 其特 征在于， 包括： (a)提取待测猪 基因组DNA作为模板； (b)对含有所述SNP位 点组合的目的片段进行扩增并测序； (c)根据相应SNP位 点的基因型确定所述猪的品种。 8.根据权利 要求7所述的方法， 其特征在于， 当所述SNP位点的基因型的结果显示SNP位 点1～SNP位点10对应的碱基为CT/TT、 GC/CC、 CT/TT、 GG/AG、 CC/TC、 AA/GA、 GG/TG、 TT/CT、 TC/ CC、 GG/CG时， 则为深县猪。 9.权利要求1所述的SNP位 点组合的筛 选方法， 其特 征在于， 包括以下步骤： (a)将深县猪重测序得到的全基因组SNP数据与已知的公共数据库中的大白猪、 杜洛克 猪、 北京黑猪、 蓝塘猪和民猪的全基因 组SNP数据进行质控及合并； (b)将步骤(a)中的不同品种个 体的70％划分为训练集， 剩余3 0％划分为测试集； (c)利用最大分类能力方法选取SNP； (d)结合机器学习方法中的逻辑回归分类器和贝叶斯分类器对步骤(c)中挑选出的信 息SNP进行 特征选择；权　利　要　求　书 1/2 页 2 CN 115537471 A 2(e)利用主成分 分析方法在测试集中对步骤(d)挑选出的特 征位点进行验证。 10.根据权利要求9所述的筛选方法， 其特征在于， 步骤(a)中选取39头深县猪获取全基 因组SNP数据， 以及选择16头大白猪、 22头杜洛克猪、 22头北京黑猪、 5头蓝塘猪和5头民猪的 全基因组SNP数据进行质控及合并； 优选地， 质控标准为： 剔除SNP检出率＜99％、 最小等位基因频率＜0.05、 哈代 ‑温伯格 平衡检验P值＜10‑50以及没有染色体位置信息的SNP位 点。权　利　要　求　书 2/2 页 3 CN 115537471 A 3