(19)国家知识产权局 (12)发明 专利申请 (10)申请公布号 (43)申请公布日 (21)申请 号 202210848321.1 (22)申请日 2022.07.19 (71)申请人 中国医学 科学院肿瘤医院 地址 100020 北京市朝阳区潘家园南里17 号 (72)发明人 王洁　仲佳　白桦　段建春　 王志杰　左影　万蕊　费凯伦　 徐佳晨　张雪　 (74)专利代理 机构 北京元本知识产权代理事务 所(普通合伙) 11308 专利代理师 徐苹 (51)Int.Cl. C12Q 1/6886(2018.01) C12N 15/11(2006.01) C12Q 1/6869(2018.01)G16B 30/10(2019.01) G16B 25/10(2019.01) (54)发明名称 用于诊断肺肠型腺癌的 甲基化标志 物 (57)摘要 本发明公开了一种用于诊断肺肠型腺癌 的 甲基化标志物， 属于生物医学领域。 本发明通过 对比肺肠型腺癌与结直肠癌肺转移的肿瘤组织 的DNA甲基化测序结果， 筛选 出8个具有明显差异 的甲基化区域， 然后通过随机森林模型的方法， 建立肺肠型腺癌甲基化预测模型， 有效适用于对 肺肠型腺癌与结直肠癌肺转移的鉴别诊断。 本发 明提供了一种准确、 简便、 经济的肺肠型腺癌筛 查手段， 为肺肠型腺癌个体化治疗方案选择、 预 后评估和延长生存期奠定 了基础。 权利要求书1页 说明书8页 附图6页 CN 115094142 A 2022.09.23 CN 115094142 A 1.一种差异甲基化 区域组， 其特征在于： 包括以下差异甲基化区域， 所述差异甲基化 区 域在基因组上的位置为： chr2:10445001 ‑10445100， chr6:10555801 ‑10556300， chr7: 27178801 ‑27179600， chr17:46707701 ‑46707900， chr17:63554501 ‑63554600， chr17: 46697501‑46697700， chr19:30162701‑30162800， chr21:40195 001‑40195200。 2.一种用于诊断肺肠型腺癌的甲基化标志物， 其特征在于： 包括权利要求1所述差异甲 基化区域组中全部或部分差异甲基化区域。 3.一种用于诊断肺肠型腺癌的试剂 盒， 其特征在于： 包括检测权利要求1所述差异甲基 化区域组中全部或部分差异甲基化区域甲基化水平的 甲基化检测试剂。 4.根据权利要求3所述的一种用于诊断肺肠型腺癌的试剂 盒， 其特征在于： 所述甲基化 检测试剂包括以下任意一种或多种方法所使用的试剂， 所述方法包括： 焦 磷酸测序法、 重亚 硫酸盐转化测序法、 甲基化芯片法、 qP CR法、 数字PCR法、 二代测序法、 三代测序法、 全基因组 甲基化测序法、 DNA富集检测法、 简化亚硫酸氢盐测序技术、 HPLC法、 MassArray、 甲基化特异 PCR、 或两种及以上 方法的组合。 5.根据权利要求3或4所述的一种用于诊断肺肠型腺癌的试剂盒， 其特征在于： 所述试 剂盒的检测样本为肿瘤组织DNA。 6.一种计算机可读取介质， 其特征在于： 储存有肺肠型腺癌诊断模型的构建和使用方 法， 所述肺肠型腺癌诊断模型的构建和使用方法， 包括以下步骤： S1.将权利要求1所述差异甲基化区域组中至少一个差异甲基化区域的甲基化测序数 据结果比对至参 考基因组， 获取每 个差异甲基化区域的 甲基化率数值； S2.将各个差异甲基化区域的甲基化率数值作为自变量， 肿瘤样本类别作为因变量， 构 建分类器， 进 行模型训练后， 得到 分类模型； 再根据分类模型对待测样本的肿瘤类别进行预 测。 7.一种用于诊断肺肠型腺癌的系统， 其特 征在于： 包括 测序模块， 用于从组织样本中提取gDNA并进行甲基化测序， 获得权利要求1所述差异甲 基化区域组中至少一个差异甲基化区域的测序数据结果； 比对模块， 用于将测序数据结果比对至参考基因组， 获取每个差异 甲基化区域的甲基 化率数值； 判定模块， 用于将各个差异 甲基化区域的甲基化率数值作为自变量， 肿瘤样本类别作 为因变量， 构建分类器， 进行模型训练后， 得到分类模型； 再根据分类模型对待测样本的肿 瘤类别进行 预测。 8.根据权利要求7所述的一种用于诊断肺肠型腺癌的系统， 其特征在于： 所述比对模块 中， 甲基化率的计算方法为某 一差异甲基化区域内所有CpG位点上发生甲基化的reads数之 和除以该差异甲基化区域内所有CpG位 点的总reads数。 9.根据权利要求7或8所述的一种用于诊断肺肠型腺癌的系统， 其特征在于： 所述判定 模块中， 分类 器选用随机森林算法分类 器。 10.权利要求1所述差异甲基化区域组、 权利要求2所述甲基化标志物、 权利要求3所述 试剂盒、 权利要求6所述计算机可读取介质或权利要求7所述用于诊断肺肠型腺癌的系统在 制备诊断或辅助诊断肺肠型腺癌产品中的应用。权　利　要　求　书 1/1 页 2 CN 115094142 A 2用于诊断肺 肠型腺癌的甲 基化标志物 技术领域 [0001]本发明涉及生物医学 领域， 特别涉及一种用于诊断肺肠型腺癌的 甲基化标志 物。 背景技术 [0002]肺肠型腺癌(p ulmonary  enteric adenocarcinoma， P EAC)是一种罕见的原发性浸 润性肺腺癌亚型， 约占肺腺癌的0.6％。 1991年， 肺肠型腺癌首次被Tsao和Fraser描述， 直到 2011年才首次被国际肺癌研究协会(IASLC)、 美国胸科学会(ATS)及欧洲呼吸学会(ERS)等 学会纳入官方肺腺癌分类。 2015年， 世界卫生组织(WHO)提出肺肠型腺癌诊断标准， 被定义 为主要(>50％)肠上皮样成分的原发性肺腺癌亚型， 显示肠分化免疫组织化学(IHC)标志物 或肠形态。 2021年， WH O进一步明确肺肠型腺癌的IHC诊断标准， 要求肠型腺癌的基本诊断标 准包括至少一种肠道标志物(CDX ‑2、 细胞角蛋白20(CK20)、 HNF4α 或MUC2)的表达， 超 过50％ 的肿瘤组织学类似于肠道形态， 以及临床排除结直肠癌。 理想情况下， 可以包括甲状腺转录 因子‑1(TTF‑1)或CK7的共表达 。 [0003]由于肺肠型腺癌表现出肠道的组织病理特征， 临床上它与结直肠癌肺转移(lung   metastatic  colorectal  cancer， lmCRC)十分容易 混淆， 对病理鉴别诊断极具挑战。 对于肠 型腺癌患者， 若确诊时分期较早， 仍有机会进行根治性治疗。 相比之下， 结直肠癌肺转移是 一种以姑息治疗为主的晚期疾病。 因此， 准确的病理诊断对于个体化治疗方案选择、 预后评 估和延长生存期至关重要。 目前， 肺肠型腺癌与结直肠癌肺转移的鉴别诊断主要依靠临床 病史、 肿瘤部位和病理检查。 典型肺腺癌IHC标志物TTF ‑1和CK7虽然可能有助于区分两者， 但这些标志物的表达在肺肠型腺癌中经常丢失， 同时也会在一小部分结直肠癌中呈阳性。 相反肠道分化标志 物， 如CDX ‑2、 CK20、 MUC2和HNF4α 等， 也可能在肺肠型腺癌中表达 。 [0004]DNA甲基化是基因表观遗传学修饰方式之一， 其与癌症的发生发展密切相关， 尤其 是CpG岛区的启动子超甲基化可能会导致抑癌基因沉默， 进而影响肿瘤进程。 到目前为止， DNA甲基化几乎在所有癌症中均有发现， 且发生在癌前或者癌症发展的早期阶段， 较为稳 定。 且不同肿瘤呈现不同的DNA甲基化特征， 具有组织特异性， 可用于识别未知来源或病理 相似的肿瘤亚型。 因此， 针对肿瘤组织的DNA甲基化特征开发出肺肠型腺癌的诊断标志物， 用于区分肺肠型腺癌与结直肠癌肺转移具有临床重要意 义。 发明内容 [0005]本发明为了解决现有技术中肺肠型腺癌 诊断困难， 缺少鉴别诊断生物标志物的问 题， 提供一种用于诊断肺肠型腺癌的 甲基化标志 物。 [0006]第一方面， 本发明提供一种差异甲基化区域组， 是采用以下技 术方案得以实现的。 [0007]一种差异甲基化区域组， 包括以下差异甲基化区域， 所述差异甲基化区域在基因 组上的位置为： chr2:10445001 ‑10445100， chr6:10555801 ‑10556300， chr7:27178801 ‑ 27179600， chr17:46707701 ‑46707900， chr17:63554501 ‑63554600， chr17:46697501 ‑ 46697700， chr19:30162701‑30162800， chr21:40195 001‑40195200。说　明　书 1/8 页 3 CN 115094142 A 3