(19)国家知识产权局 (12)发明 专利申请 (10)申请公布号 (43)申请公布日 (21)申请 号 202210969128.3 (22)申请日 2022.08.12 (71)申请人 华南理工大 学 地址 510630 广东省广州市天河区五山路 (72)发明人 田英姿　王炳智　潘凯明　 (74)专利代理 机构 广州艾维专利商标代理事务 所(普通合伙) 44739 专利代理师 黄强 (51)Int.Cl. C12Q 1/6895(2018.01) C12N 15/11(2006.01) (54)发明名称 用于杏品种鉴定的SNP位 点及其应用 (57)摘要 本发明涉及用于杏品种鉴定的SNP位点及其 应用。 本发明基于SNP技术 建立了一套科学、 规范 化的杏种质资源的鉴定方法， 能够便于高效地进 行杏属植物的归类与管理， 其特异性好， 能够作 为判定杏种属的关键凭证， 填补了现有技术中杏 SNP分子标记开发的技术空白。 本发明提供了适 合杏属植物 的29种SNP分子标记， 可实现高通量 操作， 具有极高的准确性， 且数据读取简单， 可节 约成本并提高效率。 本发明所提供的29种SNP特 异位点对于杏属果蔬资源的科学保存、 快速鉴 定、 选育、 分类和管理具有十分重要的意义， 对于 杏属果树资源的保存、 选育以及遗传多样性研究 具有极为重要的作用。 权利要求书4页 说明书13页 附图8页 CN 115232887 A 2022.10.25 CN 115232887 A 1.SNP位点在杏品种鉴定中的应用， 其特征在于， 所述SNP位点选自以下中的一种或多 种： 1、 CAEKDK010 000001.1_104 40254， 其脱氧核苷酸序列为A/T； 2、 CAEKDK010 000001.1_13568267， 其脱氧核苷酸序列为A/T； 3、 CAEKDK010 000001.1_20639545， 其脱氧核苷酸序列为C /T； 4、 CAEKDK010 000001.1_2190980 0， 其脱氧核苷酸序列为A/G； 5、 CAEKDK010 000001.1_2541 1117， 其脱氧核苷酸序列为C /T； 6、 CAEKDK010 000001.1_36367780， 其脱氧核苷酸序列为A/G； 7、 CAEKDK010 000001.1_41251 119， 其脱氧核苷酸序列为A/G； 8、 CAEKDK010 000002.1_182 90549， 其脱氧核苷酸序列为C /T； 9、 CAEKDK010 000002.1_189 28945， 其脱氧核苷酸序列为A/G； 10、 CAEKDK010 000002.1_22722929， 其脱氧核苷酸序列为C /T； 11、 CAEKDK010 000002.1_2810 5504， 其脱氧核苷酸序列为C /T； 12、 CAEKDK010 000003.1_6752 21， 其脱氧核苷酸序列为A/G； 13、 CAEKDK010 000003.1_15070082， 其脱氧核苷酸序列为C /T； 14、 CAEKDK010 000003.1_21123450， 其脱氧核苷酸序列为A/ C； 15、 CAEKDK010 000003.1_2543984 4， 其脱氧核苷酸序列为A/T； 16、 CAEKDK010 000004.1_7586 379， 其脱氧核苷酸序列为A/G； 17、 CAEKDK010 000004.1_19240527， 其脱氧核苷酸序列为C /T； 18、 CAEKDK010 000004.1_22531282， 其脱氧核苷酸序列为A/G； 19、 CAEKDK010 000005.1_12669636， 其脱氧核苷酸序列为C /T； 20、 CAEKDK010 000005.1_1346 6650， 其脱氧核苷酸序列为A/G； 21、 CAEKDK010 000005.1_175728 86， 其脱氧核苷酸序列为C /T； 22、 CAEKDK010 000006.1_47983 04， 其脱氧核苷酸序列为A/ C； 23、 CAEKDK010 000006.1_5750123， 其脱氧核苷酸序列为C /T； 24、 CAEKDK010 000006.1_20454043， 其脱氧核苷酸序列为C /G； 25、 CAEKDK010 000006.1_21304403， 其脱氧核苷酸序列为C /G； 26、 CAEKDK010 000007.1_10365019， 其脱氧核苷酸序列为A/G； 27、 CAEKDK010 000008.1_5584589， 其脱氧核苷酸序列为C /T； 28、 CAEKDK010 000008.1_739 9902， 其脱氧核苷酸序列为A/G； 29、 CAEKDK010 000008.1_15579729， 其脱氧核苷酸序列为C /T。 2.根据权利要求1所述的应用， 其特 征在于， 所述SNP位 点通过如下 方法筛选得到： （1） 采集 杏的样品， 进行总DNA提取； （2） 对提取后的总DNA进行全基因 组测序； （3） 对测序结果进行SNP特异位 点筛选。 3.根据权利要求2所述的应用， 其特 征在于， 步骤 （1） 中所述 杏选自新疆杏。 4.根据权利要求2所述的应用， 其特征在于， 步骤 （1） 中所述样品选自杏的叶片、 果实、 根、 茎中的一种或多种。 5.根据权利要求2所述的应用， 其特 征在于， 步骤 （1） 中采用CTBA法进行总DNA提取。权　利　要　求　书 1/4 页 2 CN 115232887 A 26.根据权利要求2所述的应用， 其特征在于， 步骤 （1） 在进行总DNA提取后， 还需进行DNA 浓度和纯度的测定， 以控制DNA  OD260/OD280为1.7‑2.0。 7.根据权利 要求2所述的应用， 其特征在于， 步骤 （3） 中所述SNP特异位点筛选具体包括 如下步骤： ①以已完成全基因组测序的杏基因组为参考序列， 基于对杏种质样品全基因组测序的 数据进行拼接和变异检测， 得到SNP位 点库； ②以SNP位点前后50bp序列保守、 且是双 等位基因、 缺失率 （Missing  rate） ＜0.05、 SNP 位点对应的次要等位基因频率 （MAF） ＞0.3、 样品最低深度≥10X作为条件对步骤 ①中SNP位 点库进行初步筛 选； ③使用SNP位点前后各100bp序列同杏基因组参考序列比对后， 将位点前后51 ‑100bp具 有特异性的SNP位 点筛选出来； ④对于步骤 ③中筛选得到的SNP位点， 采用p erl构建模型进行计算， 筛选得到具有29个 标记的SNP位 点。 8.SNP位点在研究杏种质资源遗传多样性中的应用， 其特征在于， 所述SNP位点选自以 下中的一种或多种： 1、 CAEKDK010 000001.1_104 40254， 其脱氧核苷酸序列为A/T； 2、 CAEKDK010 000001.1_13568267， 其脱氧核苷酸序列为A/T； 3、 CAEKDK010 000001.1_20639545， 其脱氧核苷酸序列为C /T； 4、 CAEKDK010 000001.1_2190980 0， 其脱氧核苷酸序列为A/G； 5、 CAEKDK010 000001.1_2541 1117， 其脱氧核苷酸序列为C /T； 6、 CAEKDK010 000001.1_36367780， 其脱氧核苷酸序列为A/G； 7、 CAEKDK010 000001.1_41251 119， 其脱氧核苷酸序列为A/G； 8、 CAEKDK010 000002.1_182 90549， 其脱氧核苷酸序列为C /T； 9、 CAEKDK010 000002.1_189 28945， 其脱氧核苷酸序列为A/G； 10、 CAEKDK010 000002.1_22722929， 其脱氧核苷酸序列为C /T； 11、 CAEKDK010 000002.1_2810 5504， 其脱氧核苷酸序列为C /T； 12、 CAEKDK010 000003.1_6752 21， 其脱氧核苷酸序列为A/G； 13、 CAEKDK010 000003.1_15070082， 其脱氧核苷酸序列为C /T； 14、 CAEKDK010 000003.1_21123450， 其脱氧核苷酸序列为A/ C； 15、 CAEKDK010 000003.1_2543984 4， 其脱氧核苷酸序列为A/T； 16、 CAEKDK010 000004.1_7586 379， 其脱氧核苷酸序列为A/G； 17、 CAEKDK010 000004.1_19240527， 其脱氧核苷酸序列为C /T； 18、 CAEKDK010 000004.1_22531282， 其脱氧核苷酸序列为A/G； 19、 CAEKDK010 000005.1_12669636， 其脱氧核苷酸序列为C /T； 20、 CAEKDK010 000005.1_1346 6650， 其脱氧核苷酸序列为A/G； 21、 CAEKDK010 000005.1_175728 86， 其脱氧核苷酸序列为C /T； 22、 CAEKDK010 000006.1_47983 04， 其脱氧核苷酸序列为A/ C； 23、 CAEKDK010 000006.1_5750123， 其脱氧核苷酸序列为C /T； 24、 CAEKDK010 000006.1