(19)国家知识产权局 (12)发明 专利申请 (10)申请公布号 (43)申请公布日 (21)申请 号 202211023968.7 (22)申请日 2022.08.24 (66)本国优先权数据 202210610503.5 2022.05.31 CN (71)申请人 复旦大学附属肿瘤医院 地址 200032 上海市徐汇区东 安路270号 (72)发明人 邵志敏　黄薇　胡欣　施锦绣　 (74)专利代理 机构 上海容慧专利代理事务所 (普通合伙) 31287 专利代理师 于晓菁 (51)Int.Cl. C12Q 1/6886(2018.01) C12N 15/11(2006.01) G16B 20/20(2019.01) G16B 20/30(2019.01)G16B 20/50(2019.01) (54)发明名称 用于中国人群乳 腺癌精准诊疗的539基因检 测方法 (57)摘要 本发明提供了用于中国人群乳腺癌精准诊 疗的检测基因集， 包含了539 个突变基因、 24个拷 贝数变异 基因。 所述基因集全面覆盖了中国人群 乳腺癌的高频突变基因、 遗传易感性基因、 靶向 用药指导相关的基因与耐药相关的基因。 本发明 还提供了完整的检测方案， 包括捕获DNA探针设 计、 实验方案、 分析方法和临床解读流程。 本发明 的检测方法可用于新鲜肿瘤样 本、 石蜡包埋组织 样本和血液样本， 可一次性检测肿瘤的胚系和体 细胞的突变、 插入和缺失、 拷贝数变异、 肿瘤突变 负荷和基因组二次打击。 本发明检测结果为乳 腺 癌的诊断、 评估和精准治疗提供参考， 为临床试 验提供分组依据。 目前已广泛应用于临床诊疗和 乳腺癌研究。 权利要求书1页 说明书65页 附图13页 CN 115323055 A 2022.11.11 CN 115323055 A 1.一种用于乳腺癌检测的基因集， 其特征在于， 所述基因集包括突变基因、 拷贝数变异 基因， 所述 突变基因选自说明书表1， 所述拷贝数变异基因选自说明书表 2。 2.一种乳腺癌多基因检测试剂 盒， 其特征在于， 所述试剂 盒包括用于权利要求1所述基 因集的检测试剂。 3.根据权利要求2所述的试剂 盒， 其特征在于， 所述检测试剂包括用于所述基因集基因 捕获的DNA探针。 4.根据权利要求3所述的试剂盒， 其特征在于， 所述DNA探针的靶向序列选自说明书表 3。 5.用于乳腺癌多基因检测的探针， 其特 征在于， 所述探针的靶向序列选自说明书表3 。 6.用于乳腺癌多基因检测的液态基因芯片， 其特征在于， 所述基因芯片包括权利要求 2‑4任一项所述的试剂盒 或权利要求5所述的探针。 7.根据权利要求1所述的基因集或权利要求2 ‑4任一项所述的试剂 盒或权利要求5所述 的探针或权利要求6所述的基因芯片在制备乳腺癌检测装置中的应用。 8.一种乳腺癌基因变异的检测装置， 其特征在于， 包括： 测序模块和分析模块； 所述测 序模块用于对待测样本的DNA进 行提取， 基因捕获， 并进 行高通量测序， 获得测序结果； 分析 模块， 用于对高通 量测序结果进行计算机处 理， 分析获得的变异信息， 提供用药 方案。权　利　要　求　书 1/1 页 2 CN 115323055 A 2用于中国人群乳腺癌精准诊疗的539基因检测方 法 技术领域 [0001]本发明属于基 因检测技术领域， 具体涉及 一种用于中国人群乳腺癌精准诊疗的多 基因检测方法。 背景技术 [0002]乳腺癌发病位于中国女性癌症发病首位， 临床分型复杂， 且部分分型的乳腺癌的 预后较差， 严重威胁女性生命安全。 目前已有越来越多的证据显示驱动基因的变异会导致 乳腺癌的发生， 其他肿瘤相关重要信号通路中的基因变异， 也对乳 腺癌的发展、 转移有关键 作用； 同时， 越来越多的靶向药物被证实对于乳 腺癌的治疗有显著效果， 如针对PIK3CA的错 义突变的靶向药阿培利司(Alpelisib)、 依维莫司(Everolimus)等， 针对ERBB2的拷贝数变 异的靶向药物曲妥珠单抗(Trastuzumab)、 帕妥珠单抗(Pertuzumab)以及ERBB 2激活性突变 的靶向药吡咯替尼(Pyrotinib)、 来那替尼(Neratinib)等， 针对BRCA1/2有害 突变的奥拉帕 利(Olaparib)、 鲁卡帕利(Rucatinib)等PARP抑制剂。 基于上述基因变异对于乳腺癌诊断和 治疗的重要性， 基因变异信息对于制定肿瘤的治疗方案和预后评估具有重要的参 考意义。 [0003]目前相关检测最主流的方法仍为以单个基因或单个变异位点为主的纯实验方法， 如免疫组化(IHC)、 免疫荧光原位杂交(FISH)等。 此类方法由于每次实验只能检测单个基因 或位点， 效率低， 且 无法对与被检测基因关联的其他关键基因进 行有效检测， 存在很大的局 限性。 应用靶向多基因二代测序(Next ‑generation  sequencing， NGS)检测基因变异作为临 床诊断和治疗的辅助手段， 可以提高检测效率， 目前已有 该类检测在乳腺癌中应用。 如2016 年发表于 《Journal  of Clinical  Oncology》 的研究利用了182基因的靶向二代测序项目对 BOLERO‑2临床试验中的乳腺癌患者进行靶向测序(Hortobagyi， G.N.et  al.Correlative   Analysis  of Genetic Alterations  and Everolimus  Benefit in Hormone Receptor ‑ PositiVe， Human  Epidermal  Growth Factor Receptor  2‑Negative  Advanced  Breast  Cancer： Results  From BOLERO‑2.Journal  of clinical  oncology： official  journal of  the American  Society  of Clinical  Oncology  34， 419‑426， doi： 10.1200/ JCO.2014.60.197 1(2016))； 2016年发表 于 《Nature  Communication》 的一项研究利用173基 因的靶向测序探究2433例乳腺癌患者的基因组特征(Pereira， B.et  al.The somatic  mutation  profiles  of 2,433 breast cancers  refines  their genomic  and  transcriptomic  landscapes.Nature  communications  7， 11479， doi： 10.1038/ ncomms11479(2016))。 纪念斯隆 ‑凯特琳癌症研究中心(Memorial  Sloan Kettering   Cancer Center， MSK)的肿瘤多基因检测技术MSK ‑IMPACT(Integrated  Mutational   Profilin g of Actionable Cancer Targets)， 包含486个检测基因， 于2017年获得FDA(美 国食品药品管 理局)的上市许可， 是第一个获得此类批准的肿瘤检测基因集产品。 2017年 发 表在 《Nature  Medicine》 的研究， 利用了MSK ‑IMPACT对超过 10000名晚期癌症患者进行了靶 向基因测序， 其中1200多例是乳腺癌患者(Zehir， A.et  al.Mutational  landscape  of  metastatic  cancer revealed  from prospective  clinical  sequencing  of 10,说　明　书 1/65 页 3 CN 115323055 A 3