(19)国家知识产权局 (12)发明 专利申请 (10)申请公布号 (43)申请公布日 (21)申请 号 202210760973.X (22)申请日 2022.06.30 (66)本国优先权数据 202111336313.0 2021.1 1.12 CN (71)申请人 江苏省农业科 学院宿迁农科 所 地址 223831 江苏省 宿迁市宿城区埠子镇 肖桥村叶圩组 (72)发明人 陈春　郭新亚　陈卫军　 (74)专利代理 机构 上海怡恩专利代理事务所 (普通合伙) 31336 专利代理师 牟俊玲 (51)Int.Cl. C12Q 1/6895(2018.01) C12N 15/11(2006.01) (54)发明名称 水稻稻瘟病抗性基因Pid4的KASP标记开发 及其应用 (57)摘要 本发明公开了水稻稻瘟病抗性基因Pid4的 KASP标记开发及其应用， 属于基因生物技术领 域。 其中所述分子标记是与水稻稻瘟病抗性基因 Pid4紧密连锁的KASP标记KASP_Pid4， 所述KASP_ Pid4是水稻基因组中的一个InDel位点， 其核苷 酸种类为+或 ‑， 为序列表中SEQ  ID No.4的第 101‑129位核苷酸。 本发明应用KASP技术对水稻 稻瘟病抗性基因Pid4进行基因型鉴定， 具有操作 简便、 成本低廉、 检测周期短、 标记稳定、 绿色环 保等优点， 可精准检测水稻稻瘟病抗性基因 Pid4， 对促进水稻抗病育种具有重要意 义。 权利要求书2页 说明书9页 序列表1页 附图1页 CN 115094158 A 2022.09.23 CN 115094158 A 1.水稻稻瘟病抗性基因Pid4的KASP标记开发， 其特征在于： 所述分子标记是与水稻稻 瘟病抗性基因Pid4紧密连锁的KASP标记KASP_Pid4， 所述KASP_Pid4是水稻基因组中的一个 InDel位点， 其核苷酸种类为+ 或‑， 为序列表中SEQ  ID No.4的第101 ‑129位核苷酸。 2.根据权利要求1所述的水稻稻瘟病抗性基因Pid4的KASP标记开发的应用， 其特征在 于： 所述与水稻 稻瘟病抗 性基因Pid4紧密连锁的KAS P分子标记在C1、 C2、 C 3或C4中的应用； 所述C1为检测水稻基因组中KASP_Pid4位点的多态性或基因型的物质在鉴定或辅助 鉴 定水稻稻瘟病抗 性中的应用； 所述C2为检测水稻基因组中KASP_Pid4位点的多态性或基因型的物质在制备鉴定或辅 助鉴定抗稻瘟病水稻产品中的应用； 所述C3为检测水稻基因组中KASP_Pid4位点的多态性或基因型的物质在 水稻辅助育种 或制备水稻辅助育种产品中的应用； 所述C4为检测水稻基因组中KASP_Pid4位点的多态性或基因型的物质在选育抗稻瘟病 水稻资源中的应用。 3.根据权利要求1所述的水稻稻瘟病抗性基因Pid4的KASP标记开发的应用， 其特征在 于： 还提供一种鉴定或辅助鉴定水稻稻瘟病抗性的方法， 包括检测待测水稻的基因型， 根据 待测水稻的基因型鉴定或辅助鉴定水稻稻瘟病抗性； 所述基因型为水稻基因组中KASP_ Pid4位点的基因型； 所述记KASP_Pi d4位点是水稻基因组中的一个InDel位点， 其核苷酸种 类为+或‑， 为序列表中SEQ  ID No.4的第101 ‑129位核苷酸； 其中， 所述KASP_Pid4位点的基因型为++基因型 时， 水稻为感稻瘟病或者候选为感稻瘟 病； 所述KASP_Pid4位点的基因型为 ‑‑基因型或者 +‑基因型时， 水稻为抗稻瘟病或者候选为 抗稻瘟病； 其中， 所述++基因型表示水稻基因组中所述KASP_Pid4位点的核苷酸种类为+的 纯合型； 所述 ‑‑基因型表示水稻基因组中所述KASP_Pid4位点的核苷酸种类为 ‑的纯合型； 所述+‑基因型表示水稻基因 组中所述KAS P_Pid4位点的核苷酸种类为+和 ‑的杂合型。 4.根据权利要求3所述的水稻稻瘟病抗性基因Pid4的KASP标记开发的应用， 其特征在 于： 所述检测水稻基因组中KASP_Pid4位点的多态性或基因型的物质在A1、 A2、 A3或A4中的 应用； 所述A1为检测水稻基因组中KASP_Pid4位点的多态性或基因型的物质在鉴定或辅助 鉴 定抗稻瘟病水稻中的应用； 所述A2为检测水稻基因组中KASP_Pid4位点的多态性或基因型的物质在制备鉴定或辅 助鉴定抗稻瘟病水稻产品中的应用； 所述A3为检测水稻基因组中KASP_Pid4位点的多态性或基因型的物质在 水稻辅助育种 或制备水稻辅助育种产品中的应用； 所述A4为检测水稻基因组中KASP_Pid4位点的多态性或基因型的物质在选育抗稻瘟病 水稻资源中的应用。 5.根据权利要求1所述的水稻稻瘟病抗性基因Pid4的KASP标记开发的应用， 其特征在 于： 还提供一种选育抗稻瘟病水稻资源的方法， 包括选择KASP_Pid4位点的基因型 ‑‑或基因 型为+‑的水稻进行育种， 其中， 所述KASP_Pid4位点是水稻基因组中的一个InDel位点， 其核 苷酸种类为+或 ‑， 为序列表中SEQ  ID No.4的第101 ‑129位核苷酸； 所述 ‑‑基因型表示水稻 基因组中所述KASP_Pid4位点的核苷 酸种类为 ‑的纯合型； 所述 +‑基因型表 示水稻基因组中权　利　要　求　书 1/2 页 2 CN 115094158 A 2所述KASP_Pid4位点的核苷酸种类为+和 ‑的杂合型。 6.根据权利要求1所述的水稻稻瘟病抗性基因Pid4的KASP标记开发的应用， 其特征在 于： 提供含有检测水稻基因组中KASP_Pid4位点的多态 性或基因型的物质的产品， 该产品包 括检测与水稻稻瘟病抗性相关的单核苷酸多态性或基因型的产品、 鉴定或辅助鉴定水稻稻 瘟病抗性的产品、 用于水稻辅助育种的产品、 用于选育抗稻瘟病 水稻资源的产品中的任一 种。 7.根据权利要求6所述的水稻稻瘟病抗性基因Pid4的KASP标记开发的应用， 其特征在 于： 含有检测水稻基因组中KASP_Pi d4位点的多态性或基因型的物质的产品在B 1、 B2、 B3或 B4中的应用； 所述B1为检测水稻基因组中KASP_Pid4位点的多态性或基因型的物质在鉴定或辅助 鉴 定水稻稻瘟病抗 性中的应用； 所述B2为检测水稻基因组中KASP_Pid4位点的多态性或基因型的物质在制备鉴定或辅 助鉴定抗稻瘟病水稻产品中的应用； 所述B3为检测水稻基因组中KASP_Pid4位点的多态性或基因型的物质在 水稻辅助育种 或制备水稻辅助育种产品中的应用； 所述B4为检测水稻基因组中KASP_Pid4位点的多态性或基因型的物质在选育抗稻瘟病 水稻资源中的应用。 8.根据权利要求3、 4、 5、 6或7中任一所述的水稻稻瘟病抗性基因Pid4的KASP标记开发 的应用， 其特征在于： 所述检测检测水稻基因组中KASP_Pid4位点的多态 性或基因型的物质 为如下： D1、 所述检测检测水稻基因组中KASP_Pid4位点的多态性或基因型的物质含有扩增包 括所述KAS P_Pid4位点在内的水稻基因 组DNA片段的PCR引物； D2、 所述检测水稻基因组中KASP_Pid4位点的多态性或基因型的物质为含有所述PCR引 物的PCR试剂； D3、 含有D1所述PCR引物或D2所述PCR试剂的试剂盒。 9.根据权利要求8所述的水稻稻瘟病抗性基因Pid4的KASP标记开发的应用， 其特征在 于： 所述PCR引物为P1或P2； P1、 所述PCR引物为由核苷酸序列是序列表中SEQ  ID No.1的第22 ‑48位的单链DNA、 核 苷酸序列是序列表中SEQ  ID No.2的第22 ‑48位的单链DNA和核苷酸序列是序列表中SEQ  ID  No.3的单链DNA组成的引物组； P2、 所述PCR引物为由序列表中SEQ  ID No.1所示的单链DNA、 序列表中SEQ  ID No.2所 示的单链DNA和由序列表中SEQ  ID No.3所示的单链DNA的引物组。权　利　要　求　书 2/2 页 3 CN 115094158 A 3