(19)国家知识产权局 (12)发明 专利申请 (10)申请公布号 (43)申请公布日 (21)申请 号 20221074380 6.4 (22)申请日 2022.06.27 (71)申请人 岭南现代农业科 学与技术广东省实 验室 地址 510000 广东省广州市天河区五山路 483号教学一区自编15号楼101房 申请人 广东省农业科 学院水稻研究所 　 中国水稻研究所 (72)发明人 赵雷　周少川　王重荣　李宏　 黄道强　王志东　周德贵　陈宜波　 龚蓉　潘阳阳　陈俊宇　 (74)专利代理 机构 北京慕达星云知识产权代理 事务所 (特殊普通合伙) 11465 专利代理师 齐宝玲(51)Int.Cl. C12Q 1/6895(2018.01) C12Q 1/6858(2018.01) C12N 15/11(2006.01) (54)发明名称 水稻抽穗期QTL qHd1功能标记及其应用 (57)摘要 本发明公开了水稻抽穗期QTL  qHd1功能标 记及其应用， 属于水稻种质资源鉴定及分子生物 学技术领域； 水稻抽穗期QT L qHd1共显性功能标 记包括如下引物： 1F： SEQ  ID NO.1； 2F： SEQ  ID  NO.2； 1R： SEQ  ID NO.3； 3F： SE Q ID NO.4； 3R： SE Q  ID NO.5。 本发明利用5条引 物在同一PCR反应体 系中通过常规PCR和琼脂糖凝胶电泳， 可准确鉴 定出插入型、 缺失型、 晶4155S型和杂合型基因 型， 结合品种籼/粳类型亦可鉴定出ZS97型和粳 稻型两种单倍型； 整个检测过程的操作简单， 对 不同来源的种质资源的鉴定结果 准确性高。 权利要求书1页 说明书4页 序列表1页 附图2页 CN 115044700 A 2022.09.13 CN 115044700 A 1.水稻抽穗期QTL  qHd1功能标记， 其特 征在于， 所述共显性功能标记包括如下引物： 1F： 5'‑ggttttcccatgggtgtgat‑3'， SEQ ID NO.1； 2F： 5'‑acatgcttaacctcatcac ct‑3'， SEQ ID NO.2； 1R： 5'‑acaccggtcatgatatgtgc ‑3'， SEQ ID NO.3； 3F： 5'‑tacatggggtggccatcata‑3'， SEQ ID NO.4； 3R： 5'‑acttccatgataatgatgaggt‑3'， SEQ ID NO.5。 2.一种试剂盒， 其特 征在于， 包括权利要求1中所述引物。 3.权利要求1所述的水稻抽穗期QTL  qHd1功能标记或权利要求2所述试剂盒在水稻种 质资源鉴定中的应用。 4.权利要求1所述的水稻抽穗期QTL  qHd1功能标记或权利要求2所述试剂盒在不同抽 穗期水稻选 育中的应用。 5.一种水稻品种基因型鉴定方法， 其特 征在于， 提取水稻DNA， 利用权利要求1所述的水稻抽穗期QTL  qHd1功能标记或权利要求2所述 试剂盒对DNA进行PCR扩增， 扩增产物进行电泳检测， 通过 带型分析水稻品种基因型。 6.根据权利要求5所述的一种水稻品种基因型鉴定方法， 其特 征在于， 结合水稻籼/粳 类型鉴定水稻品种。 7.根据权利要求5所述的一种水稻品种基因型鉴定方法， 其特 征在于， PCR扩增的反应体系为： 2 ×Taq PCR Mix预混液10 μL， 模板DNA  2 μL， H2O 6.8 μL， 引物1F、 2F、 3F、 3R各0.2 μL， 引物1 R 0.4 μL。 8.根据权利要求5所述的一种水稻品种基因型鉴定方法， 其特 征在于， PCR扩增的反应程序为： 94℃ 5分钟； 94℃ 30秒、 55℃30秒、 72℃ 30秒， 35个循环； 72℃ 5分 钟。 9.根据权利要求5所述的一种水稻品种基因型鉴定方法， 其特 征在于， 所述水稻抽 穗期QTL qHd1功能标记用于区分LOC_Os01g69850所示基因第一内含子序 列自然变异的类型： (1)缺失型： 扩增获得的条 带为228bp； (2)插入型： 扩增获得的条 带为314bp； (3)晶415 5S型： 扩增获得的条 带为314bp+417bp； (4)杂合型： 扩增获得的条 带为228bp+314bp或2 28bp+314bp+417bp。 10.根据根据权利要求9所述的一种水稻品种基因型鉴定方法， 其特 征在于， 所述插入型中， 根据籼/粳 类型区分籼稻和粳稻。权　利　要　求　书 1/1 页 2 CN 115044700 A 2水稻抽穗期Q TL qHd1功能标记及其应用 技术领域 [0001]本发明涉及水稻种质资源鉴定及分子生物学技术领域， 更具体的说是涉及水稻抽 穗期QTL qHd1/OsMADS51共显性功能标记及其应用。 背景技术 [0002]水稻从播种至抽穗可以划 分为两个连续的阶段： 即营养生长期(播种至穗起始分 化)和生殖生长期(穗起始分化至抽穗)。 其中， 穗分化阶段基本稳定在35天左右， 而营养生 长阶段的长短主要决定于品种的 “三性”(感光性、 感温性与基本营养生长性)， 在不同水稻 品种间存在广泛变异。 对于任何一个具体品种而言， “三性”是一个相互联系的整体， 是在特 定的育种及栽培条件的影响下形成的， 当生长环境的光温条件发生变化时， 品种会通过抽 穗期的改变以适应环境。 因此， 对水稻抽穗期相关基因具有重要的研究价 值。 [0003]前期研究中， 我们根据珍汕97(ZS97)和密阳46(MY46)构建的遗传群体鉴定到一个 感温性抽穗期QT L qHd1。 通过精细定位发现OsMADS51是qHd1的功能基因， 在qHd1/OsMADS51 (LOC_Os01g69850， http://rice.plantbiology.msu.edu/)的第一内含子上ZS97相对于 MY46多了1个9.5kb的大片段插入， 使 得ZS97型等位基因的表达量显著下降， 抽穗延迟。 为了 实现9.5kb大片段插入的准确鉴定， 设计了10个呈连续交叠排列且覆盖整个9.5kb片段的分 子标记， 如果这10个标记均能扩增出目标长度的产物， 则表明被检测材料携带ZS97型等位 基因， 反之亦然。 但利用这10个标记进行品种鉴定时， 存在以下三点缺陷： 由于缺失型和部 分扩增失败样 品均无条带， 会存在较多的假阳性结果； 若该品种与ZS97和 MY46的等位基因 均不一样， 无法进行鉴定； 无法将杂合型和ZS97型区分开； 每个样 品都要进行10次PCR扩增 和电泳检测， 费时费力成本高。 [0004]因此， 如何准确、 高效地对qHd1/OsMADS5 1进行不同基因型鉴定 成为亟待解决的问 题。 发明内容 [0005]有鉴于此， 本 发明提供了水稻抽穗期QTL  qHd1功能标记及其应用， 可准确、 高效地 实现不同水稻基因型鉴定 。 [0006]为了实现上述目的， 本发明采用如下技 术方案： [0007]水稻抽穗期QTL  qHd1功能标记， 该共显性功能标记包括如下引物： [0008]1F： 5'‑ggttttcccatgggtgtgat‑3'， SEQ ID NO.1； [0009]2F： 5'‑acatgcttaacctcatcac ct‑3'， SEQ ID NO.2； [0010]1R： 5'‑acaccggtcatgatatgtgc ‑3'， SEQ ID NO.3； [0011]3F： 5'‑tacatggggtggccatcata‑3'， SEQ ID NO.4； [0012]3R： 5'‑acttccatgataatgatgaggt‑3'， SEQ ID NO.5。 [0013]其中， 1F、 1R对应的扩增产物为228bp， 2F、 1R对应的扩增产物为314bp， 3F、 3R对应 的扩增产物为 417bp。说　明　书 1/4 页 3 CN 115044700 A 3