(19)国家知识产权局 (12)发明 专利申请 (10)申请公布号 (43)申请公布日 (21)申请 号 202210594856.0 (22)申请日 2022.05.27 (71)申请人 深圳市疾病预防控制中心 （深圳市 卫生检验中心、 深圳市预防医学研 究所） 地址 518073 广东省深圳市南 山区龙苑路8 号 申请人 深圳联合医学 科技有限公司 (72)发明人 冯铁建　何雅青　吴春利　郭永超　 谭爱女　徐露　 (74)专利代理 机构 北京派特恩知识产权代理有 限公司 1 1270 专利代理师 姚文娴　徐川 (51)Int.Cl. C12Q 1/70(2006.01)C12Q 1/686(2018.01) C12N 15/11(2006.01) (54)发明名称 检测SARS-CoV-2的组合物、 试剂盒、 方法及 其用途 (57)摘要 本发明属于分子生物学检测领域； 具体地， 涉及SARS ‑CoV‑2的检测； 更具体地， 涉及SARS ‑ CoV‑2变异株的检测以及分型。 本发明提供了包 含所述组合物的试剂盒， 所述组合物的用途， 以 及用于检测SARS ‑CoV‑2变异株并分型的方法。 本 发明通过检测SARS ‑CoV‑2变异株上的不同的特 征功能变异位点， 对变异株进行分型， 从而在反 应体系中同时实现SARS ‑CoV‑2变异株分型的检 测。 使得不同毒株能够得到区别对待， 从而使得 治疗和预防更效率。 本发 明的组合物， 成本低， 通 量高。 并且操作简便， 结果读取过程通过不同通 道即可以判定。 检测全过程均在封闭条件下进 行， 避免了由于样本间交叉引起的假阳性和环境 污染。 权利要求书2页 说明书8页 序列表6页 附图15页 CN 115261511 A 2022.11.01 CN 115261511 A 1.一种能够检测SARS ‑CoV‑2变异株并分型的组合物， 所述组合物同时包括： 第一核酸组合物： 如SEQ ID NO:1所示的突变Q954H上游引物、 如SEQ  ID NO:2所示的突变Q954H下游引 物， 和如SEQ  ID NO:3所示的突变Q954H 探针； 第二核酸组合物： 如SEQ ID NO:4所示的突变S982A上游引物、 如SEQ  ID NO:5所示的突变S982A下游引 物， 和如SEQ  ID NO:6所示的突变S982 A探针； 如SEQ ID NO:7所示的突变K417N上游引物、 如SEQ  ID NO:8所示的突变K417N下游引 物， 和如SEQ  ID NO:9所示的突变K417N探针； 和 如SEQ ID NO:10所示的突变E484K上游引物、 如SEQ  ID NO:11所示的突变E484K下游引 物， 和如SEQ  ID NO:12所示的突变E484K探针； 第三核酸组合物： 如SEQ ID NO:13所示的突变T478K上游引物、 如SEQ  ID NO:14所示的突变T478K下游引 物， 和如SEQ  ID NO:15所示的突变T478K探针； 如SEQ ID NO:16所示的突变69 ‑70del上游引物、 如SEQ  ID NO:17所示的突变69 ‑70del 下游引物， 和如SEQ  ID NO:18所示的突变69 ‑70del探针； 和 如SEQ ID NO:19所示的突变L452R上游引物、 如SEQ  ID NO:20所示的突变L452R下游引 物， 和如SEQ  ID NO:21所示的突变L 452R探针； 以及 第四核酸组合物： 如SEQ ID NO:22所示的突变K417T上游引物、 如SEQ  ID NO:23所示的突变K417T下游引 物， 和如SEQ  ID NO:24所示的突变K417T探针； 和 如SEQ ID NO:25所示的突变T76I上游引物、 如SEQ  ID NO:26所示的突变T76I下游引 物， 和如SEQ  ID NO:27所示的突变T76I探针。 。 2.根据权利要求1所述的组合物， 其中， 所述第一核酸组合物还可以包括如SEQ  ID NO: 28所示的ORF1ab上游引物、 如SEQ  ID NO:29所示的ORF1ab下游引物， 和如SEQ  ID NO:30所 示的ORF1ab探针， 和/或如SEQ  ID NO:31所示的N基因上游引物、 如SEQ  ID NO:32所示的N基 因下游引物， 和如SEQ  ID NO:33所示的N基因探针。 3.根据权利 要求1所述的组合物， 其 中， 所述核酸组合物均包括如SEQ  ID NO:34所示的 内参基因上游引物、 如SEQ  ID NO:35所示的内参基因下游引物， 和如SEQ  ID NO:36所示的 内参基因探针。 4.根据权利要求1所述的组合物， 其中， 所述第 一、 第二、 第三以及第四核酸组合物每组 之内的探针的荧 光基团彼此互不相同且互不干扰。 5.根据权利要求4所述的组合物， 其中， SEQ  ID NO:3、 9、 18和27荧光报告基团为ROX； SEQ ID NO:6、 15和24的荧 光报告基团为FAM； SEQ  ID NO:12、 21和27的荧 光报告基团为C Y5。 6.根据权利要求1～5中任一项所述的组合物， 其中， 所述组合物的各核酸组合物分别 存在于单独包 装中。 7.权利要求1～6中任一项所述的组合物在制备检测SARS ‑CoV‑2变异株并分型的试剂 盒中的用途。 8.一种检测 SARS‑CoV‑2变异株并分型的试剂盒， 所述试剂盒包括权利 要求1～6中任一权　利　要　求　书 1/2 页 2 CN 115261511 A 2项所述的组合物。 9.根据权利要求8所述的试剂盒， 其中， 所述试剂盒还包括核酸释放试剂、 核酸提取试 剂、 dNTP、 逆转录酶、 尿嘧啶糖 基化酶、 DNA聚合酶、 PCR缓冲液以及Mg2+中的至少一种。 10.一种用于以非诊断目的检测SARS ‑CoV‑2变异株并分型的方法， 所述方法包括以下 步骤： 1)提取或释放待测样本的核酸； 2)使用如权利要求1～6中任一项所述的组合物或如权利要求8～9中任一项所述的试 剂盒对步骤1)获得的核酸进行荧 光定量PCR分析； 3)获得并分析 结果。权　利　要　求　书 2/2 页 3 CN 115261511 A 3