(19)国家知识产权局 (12)发明 专利申请 (10)申请公布号 (43)申请公布日 (21)申请 号 202210657907.X (22)申请日 2022.06.10 (71)申请人 四川农业大 学 地址 611130 四川省成 都市温江区惠民路 211号 (72)发明人 马建　陈黄鑫　周界光　玄其京　 曾照勇　唐华苹　江千涛　蒋云峰　 魏育明　郑有良　兰秀锦　 (74)专利代理 机构 北京东方盛凡知识产权代理 事务所(普通 合伙) 11562 专利代理师 菅士腾 (51)Int.Cl. C12Q 1/6895(2018.01) C12Q 1/6851(2018.01) C12N 15/11(2006.01) (54)发明名称 小麦最大根长QTL QMrl.sau-3D连锁的SNP 分子标记及其应用 (57)摘要 本发明公开了小麦最大根长QTLQMrl.sau ‑ 3D连锁的SNP分子标记及其应用， 涉及小麦分子 遗传育种领域。 该SNP分子 标记与QMrl.sau ‑3D共 定位于小麦基因组的3D染色体长臂上， 所述SNP 分子标记的核苷酸序列如SEQIDN O.16所示， 所述 SNP分子标记的36bp处存在C/T 突变。 本发明提供 的SNP分子标记KASP ‑Mrl‑sau1与小麦最大根长 QTLQMrl.sau ‑3D紧密连锁， 能准确跟踪所述小麦 最大根长QT LQMrl.sau ‑3D， 预测小麦的最大根长 特性， 能够显著提升对小麦最大根长的选择鉴定 效率， 能够迅速筛选出具有较长根长的小麦品种 或品系， 加快小麦分子 遗传育种的进程。 权利要求书1页 说明书10页 序列表3页 附图2页 CN 114807429 A 2022.07.29 CN 114807429 A 1.一种与小麦最大根长QTL  QMrl.sau ‑3D连锁的SNP分子标记， 其特征在于， 所述SNP分 子标记与QMr l.sau‑3D共定位于小麦基因组的3D染色体长臂上， 所述SNP分子标记的核苷酸 序列如SEQ  ID NO.16所示， 所述SNP分子标记的3 6bp处存在C /T突变。 2.一种扩增如权利要求1所述的SNP分子标记 的引物组合， 其特征在于， 所述引物组合 包括如SEQ  ID NO.1‑2所示的两条特异性上游引物和如SEQ  ID NO.3所示的一条通用下游 引物。 3.一种如权利要求2所述的引物组合在制备鉴定小麦基因或其基因片段的芯片中的应 用。 4.一种如权利要求2所述的引物组合在制备鉴定小麦基因或其基因片段的试剂 盒中的 应用。 5.一种鉴定小麦基因或其基因片段的芯片， 其特征在于， 包含权利要求2所述的引物 组 合。 6.一种鉴定小麦基因或其基因片段的试剂 盒， 其特征在于， 包含权利要求2所述的引物 组合。 7.一种如权利要求1所述的SNP分子标记、 权利要求2所述的引物组合、 权利要求3所述 的芯片或权利要求 4所述的试剂盒在下列任一项中的应用： (1)小麦分子 遗传育种； (2)培育转基因小麦； (3)小麦种质资源改良； (4)调控小麦最大根长性状。 8.一种筛选含有最大根长QTL  QMrl.sau ‑3D的小麦株系的方法， 其特征在于， 以待测植 株样品的基因组DNA作为模板， 利用权利要求2所述的引物组合进 行荧光定量P CR扩增， 利用 扩增结果进行基因型分型； 将能够读取到SEQ  ID NO.2所标记的荧光基团的植株鉴定为含 有小麦最大根长QTL  QMrl.sau ‑3D的植株。 9.根据权利要求8所述的方法， 其特征在于， 所述荧光定量PCR扩增的反应体系为： 5μ LMaster Mix， 5ng模板DNA， 1.4 μL混合引物， ddH2O加至总量为10 μL， 所述混合引物由120 μL   10ng/ μL的SEQ  ID NO.1所示的特异性上游引物、 12 0 μL 10ng/ μL的SEQ  ID NO.2所示的特异 性上游引物和300 μL  10ng/ μL的SEQ  ID NO.3所示的通用下游引物， 添加460 μL  ddH2O进行 混合得到 。 10.根据权利要求8所述的方法， 其特征在于， 所述荧光定量PCR扩增的反应程序为： 94 ℃预变性15min； 94℃变性20s， 61℃复性/延伸60s， 共10个循环； 94℃变性20s， 55℃复性/延 伸60s， 共26个 循环。权　利　要　求　书 1/1 页 2 CN 114807429 A 2小麦最大根长Q TL QMrl.sau‑3D连锁的SNP分子标记及其应用 技术领域 [0001]本发明涉及小麦分子遗传育种 领域， 特别是涉及小麦最大根长QTL  QMrl.sau ‑3D 连锁的SNP分子标记及其应用。 背景技术 [0002]普通小麦(Triticum  aestivum  L.)是最早驯化的谷物之一， 因其具有更好的环境 适应性、 更丰富的营养和更高的产量潜力， 被列为 “三大”谷类作物， 在世界各地广泛种植。 由于人口增长和耕地面积的持续减少， 小麦产量亟待提高， 对小麦进行遗传改良是增产的 主要手段之一。 [0003]根系是植物最重要的器官之一， 在调节植物 吸收水分和营养物质， 以及植物体内 物质的转化和 运输中发挥关键作用。 在根系相关性状的研究中， 最大根长对于地上部的贡 献是不可忽视的。 最大根长的遗传改良可以促进小麦摄取土壤深层水分和养分的能力， 从 而增强小麦对干旱环境等逆境的适应性， 进而获得最佳的籽粒产量。 因此， 鉴定控制小麦最 大根长的遗传位 点对于小麦分子 遗传育种极其重要。 [0004]单核苷酸多态性(single  nucleoti de polymorphism， SNP)标记指在基因组水平 上由单个核苷酸的变异所引起的DNA序列多态性， 具有数量多、 分布广泛、 在单个基因和整 个基因组中分布不均匀以及SNP等位基因频率容易估计的优点， 是当前遗传标记研究中最 多， 也是最有前景的分子标记。 其中， 55K  SNP芯片、 90K  SNP芯片和660K  SNP等芯片在小麦 中已被广泛运用。 [0005]竞争性等位基因特异性PCR技术(KompetitiveAllele  Specific  PCR， KASP)是由 LGC公司(Laboratory  ofthe Government Chemist)研发的具有低成本、 高通量特点的新型 基因分型技术， 通过引物末端碱基的特异匹配来对SNP以及In  Del位点进行精准的双等位 基因分型， 在水稻、 小麦、 大豆等作物的分子标记辅助选择中得到广泛应用。 [0006]近年来， 在小麦的不同染色体上已经报道了许多与最大根长相关的QTL， 但运用于 实际的分子标记辅助育种却并不多。 因此进一步鉴定到更具实用价值的最大根长QTL或基 因， 利用分子生物学技术， 选择适宜根系长度的小麦株系， 最终达到选育增产小麦新品种的 目的， 在小麦 育种工作中意 义重大。 发明内容 [0007]本发明的目的是提供小麦最大根长QTL  QMrl.sau ‑3D连锁的SNP分子标记及其应 用， 以解决上述现有技术存在的问题， 本发明提供的SNP分子标记KASP ‑Mrl‑sau1与小麦最 大根长QTL  QMrl.sau ‑3D紧密连锁， 能准确 跟踪所述小麦最大根长QTL  QMrl.sau ‑3D， 预测 小麦的最大根长特性， 能够显著提升对小麦最大根长的选择鉴定效率， 能够迅速筛选出具 有较长根长的小麦品种或品系用于 育种， 加快小麦分子 遗传育种的进程。 [0008]为实现上述目的， 本发明提供了如下 方案： [0009]本发明提供一种与小麦最大根长QTL  QMrl.sau ‑3D连锁的SNP分子标记， 所述SNP说　明　书 1/10 页 3 CN 114807429 A 3