(19)国家知识产权局 (12)发明 专利申请 (10)申请公布号 (43)申请公布日 (21)申请 号 202210998423.1 (22)申请日 2022.08.19 (71)申请人 河北舒隽科技有限公司 地址 050035 河北省石家庄市高新 技术产 业开发区长江大道315号创新大厦5楼 C7号 (72)发明人 褚素乔　谢艳华　桂蕴　王宇哲　 牛旭达　朱迪　周荣彦　倪慧勇　 邱伟　姚慧敏　 (74)专利代理 机构 河北冀华知识产权代理有限 公司 13151 专利代理师 侯迎新 (51)Int.Cl. C12Q 1/6888(2018.01) C12N 15/11(2006.01) (54)发明名称 太行鸡开产日龄相关的数量性状基因座及 其应用 (57)摘要 本发明公开了一组太行鸡开产日龄相关的 数量性状基因座， 位于基因组的chr19:6  406  070‑chr19:6 412 735区间内， 包括物理距离如 下的显著SNP位点当中的一组或多组： 19: 6381462、 19:638 2350、 19:638 2585、 19:638 2662、 19:6382781、 19:6406070、 19:6406141、 19: 6406152、 19:6406169、 19:6406170、 19:6406188、 19:6406306、 19:6408239、 19:6412674、 19: 6412735。 本发明开发了一系列与蛋鸡开产日龄 相关的SNP位点， 能够用于开发与太行鸡开产日 龄相关的分子标记及其引物， 并进一步用于太行 鸡的分子标记辅助选择育种， 以获得开产日龄更 早的优势太行鸡品种。 权利要求书1页 说明书6页 附图2页 CN 115323063 A 2022.11.11 CN 115323063 A 1.太行鸡开产日龄相关的数量性状基因座， 其特征在于： 所述数量性状基因座用于太 行鸡的分子标记辅助选择育种， 以获得开产日龄更早的优势太行鸡品种； 所述数量性状基 因座位于基因组版本为 GGA 6的chr19:6  406 070  ‑ chr19:6 412 735区间内， 包括物理距 离如下的显著SNP位点当中的一组或多组： 19:6381462、 19:6382350、 19:6382585、 19: 6382662、 19:6382781、 19:6406070、 19:6406141、 19:6406152、 19:6406169、 19:6406170、 19: 6406188、 19:640 6306、 19:6408239、 19:6412674、 19:641273 5。 2.根据权利要求1所述的太行鸡开产日龄相关的数量性状基因座， 其特征在于： 所述数 量性状基因座位的共定位基因为CP D基因。 3.根据权利要求1所述的太行鸡开产日龄相关的数量 性状基因座， 其特 征在于： 所述显著SNP位 点19:6381462的等 位基因多态性 位点为C/T； 所述显著SNP位 点19:6382350的等位基因多态性 位点为C/G； 所述显著SNP位 点19:6382585的等 位基因多态性 位点为A/C； 所述显著SNP位 点19:6382662的等位基因多态性 位点为G/C； 所述显著SNP位 点19:6382781的等 位基因多态性 位点为G/A； 所述显著SNP位 点19:640 6070的等位基因多态性 位点为A/G； 所述显著SNP位 点19:640 6141的等 位基因多态性 位点为C/T； 所述显著SNP位 点19:640 6152的等 位基因多态性 位点为T/C； 所述显著SNP位 点19:640 6169的等 位基因多态性 位点为A/G； 所述显著SNP位 点19:640 6170的等 位基因多态性 位点为A/G； 所述显著SNP位 点19:640 6188的等位基因多态性 位点为A/G； 所述显著SNP位 点19:640 6306的等位基因多态性 位点为A/G； 所述显著SNP位 点19:6408239的等 位基因多态性 位点为A/G； 所述显著SNP位 点19:6412674的等 位基因多态性 位点为A/G； 所述显著SNP位 点19:641273 5的等位基因多态性 位点为C/A。 4.权利要求1所述数量性状基因座的用途， 用于开发与太行鸡开产日龄相关的分子标 记及其引物。 5.权利要求1所述数量性状基因座的用途， 用于太行鸡的分子标记辅助选择育种， 以获 得开产日龄更早的优势太行鸡品种。 6.根据权利要求5所述的用途， 其特 征在于： 包括如下实施步骤： A、 通过开发的分子标记及其引物检测样品鸡在所述SNP位 点的基因型； B、 选择具有优势等 位基因基因型的样品鸡进行优势品系的选 育。 7.根据权利要求6所述的用途， 其特征在于： 步骤B中， 选择基因型为优势纯合型的太行 鸡进行优势品系的选 育。 8.根据权利要求7所述的用途， 其特征在于： 步骤B中， 所述优势品系表现为开产日龄 早。权　利　要　求　书 1/1 页 2 CN 115323063 A 2太行鸡开产日龄相关的数量性状基因座及其应用 技术领域 [0001]本发明涉及分子生物学技术领域， 尤其涉及与太行鸡开产日龄相关的分子育种技 术。 背景技术 [0002]我国鸡肉、 鸡蛋生产及消费水平均位于世界前列。 近年来， 家禽育种业进入发展平 稳阶段， 需要寻求新的突破。 通过传统育种选择， 商业化蛋鸡品系已达到很高的生产水平。 产蛋性能是鸡生产育种的重要 经济性状， 是影响家 禽业经济效益的重要因素之一。 虽然， 近 几十年来， 通过常规育种 方法针对产蛋性状的选育卓有成效， 然而， 相比于其他生产性状， 需要付出更多的选育时间和代价， 如何实现新的突破以及提高选育效率变得至关重要。 因 此， 需要在动物育种技术不断革新的时期， 完善家 禽育种的遗传改良体系， 为家 禽育种技术 体系提供高精准的理论指导和技 术方法， 促使我国家禽育种业的经济效益持续 提升。 [0003]分子标记是遗传学研究的重要材料。 单核苷酸多态性标记因其数量多、 分布广泛、 易于准确鉴定等特点， 被广泛地应用于人类和 动植物各项遗传学研究， 包括遗传图谱构建， 连锁分析， 关联分析， 基因组预测等。 单核苷酸多态性(single  nucleotide  polymorphi sm， SNP)标记是第三代遗传标记， 是指在基因组DNA序列上有单个碱基的突变而产生的一种多 态性， 这种突变包括单碱基的颠换、 转换、 插入和缺 失。 SNP具有量大、 高频率、 低突变率等优 点， 广泛应用于基因组分析、 生物信息自动化检测、 简单和复杂疾病的遗传研究、 畜牧育种 标记及全球种族遗传学等研究。 SNP位点辅助选择育种， 是在分子水平上对目标性状进 行选 择， 可以不受环境影响， 通过遗传背景选择， 减少连锁累赘， 从而加速 育种过程及精准度。 [0004]全基因组关联分析(Genome ‑wide association  studies， GWAS)是畜禽经济性状 遗传改良和机理解析 的重要方法。 随着二代测序技术的发展， 全基因组重测序技术成为高 通量SNP分型的有力工具， 对于少数样 本的研究而言， 通过高深度全基因组测序便可以充分 获取样本基因组信息， 然而对于群体遗传学而言， 目前高深度全基因组测序用于大规模样 本还过于昂贵。 在这种背景下， 研究人员摸索出了一种 大样本低深度重测序的新型测序策 略。 该策略首先对群体中所有个体进 行全基因组低 深度测序和变异 查找， 之后根据SNP位点 间的连锁不平衡  (Linkage Disequilibrium,  LD) 对缺失基因型进行推断， 最终获取大规 模样本全基因 组水平的高密度遗传标记。 [0005]鸡开产日龄是一个与繁殖和生长性能均有密切联系的指标， 一般来说开产日龄和 产蛋数呈现负相关， 即开产越早， 产蛋数目越多。 若能够筛选一种与母鸡开产日龄显著相关 的SNP位点或SNP分子标记， 则有助于为蛋鸡的标记辅助选择育种提供有利的理论依据。 发明内容 [0006]本发明要解决的技术问题是提供太行鸡开产日龄相关的数量性状基因座及其应 用， 在数量 性状基因座QTL区间内包 含多个极其显著相关的单核苷酸多态性SNP位 点。 [0007]为解决上述 技术问题， 本发明所采取的技 术方案如下。说　明　书 1/6 页 3 CN 115323063 A 3