(19)国家知识产权局 (12)发明 专利申请 (10)申请公布号 (43)申请公布日 (21)申请 号 202210646933.2 (22)申请日 2022.06.09 (71)申请人 深圳北京大 学香港科技大 学医学中 心 地址 518035 广东省深圳市福田区莲 花街 道莲花路1120号 (72)发明人 崔永萍　崔鹤洋　周勇　张维敏　 (74)专利代理 机构 太原晋科知识产权代理事务 所(特殊普通 合伙) 14110 专利代理师 翟冲燕 (51)Int.Cl. C12Q 1/6886(2018.01) C12N 15/11(2006.01) C12Q 1/6851(2018.01) (54)发明名称 基因PTHLH作为靶点在食管鳞癌辅助诊断、 预后判断和治 疗中的应用 (57)摘要 本发明属于生物医药技术领域， 提供了基因 PTHLH作为靶点在食管鳞癌辅助诊断、 预后判断 和治疗中的应用。 所述靶点PTHLH为基于结构变 异TD所累积的食管鳞癌驱动靶点， 即TD累积的超 级增强子的潜在靶点； 超级增强子为PTHLH上游 调控区域。 本发明研究发现ESCC驱动基因的增强 子区域频繁地被TD所扩增。 这些结果暗示TD 事件 可以通过影响基因本体和调控原件来调节癌症 基因的相关表达。 同时还发现了基于结构变异TD 所累积的食管鳞癌驱动靶点为TD累积的超级增 强子的潜在靶点PTHLH 。 权利要求书1页 说明书15页 序列表3页 附图6页 CN 114990219 A 2022.09.02 CN 114990219 A 1.基因PTHLH作为靶点在制备诊断食管鳞癌的药物中的应用， 其特征在于： 所述靶点 PTHLH为基于结构变异TD所累积的食管鳞癌驱动靶点， 即TD累积的超级增强子的潜在靶点 PTHLH； 所述超级增强子为PTHLH上游调控区域， 其核苷酸序列为： 增强子Enhancer  e3(hg19  chr12: chr12:28176001 ‑28177500)的核苷酸序列如SEQ  ID NO： 1所示； 增强子Enhancer   e5(hg19 chr12: chr12:28185600 ‑28186900)的核苷酸序列如SEQ  ID NO： 2所示； 增强子 Enhancer  e8(hg19 chr12: chr12:28284501 ‑28285500)的核苷酸序列如SEQ  ID NO： 3所 示。 2.基因PTHLH作 为靶点在制备筛选抗食管鳞癌药物的试剂中的应用， 基因PTHLH为权利 要求1所述基因。 3.基因PTHLH或超级增强子作为靶点在制备食管鳞癌预后评估试剂中的应用， 其特征 在于： 所述靶点PTHLH为基于结构变异TD所累积的食 管鳞癌驱动靶点， 即TD累积的超级增强 子的潜在靶点； 所述超级增强子为PTHLH上游调控区域， 其核苷酸序列为： 增强子Enhancer   e3(hg19 chr12: chr12:28176001 ‑28177500)的核苷酸序列如SEQ  ID NO： 1所示； 增强子 Enhancer  e5(hg19 chr12: chr12:28185600 ‑28186900)的核苷酸序列如SEQ  ID NO： 2所 示； 增强子Enhanc er e8(hg19 chr12: chr12:28284501 ‑28285500)的核苷酸序列如SEQ  ID  NO： 3所示。 4.根据权利要求3所述的应用， 其特征在于： 所述PTHLH基因在食管鳞癌患者癌组织中 特异性表达水平上调， PTHLH基因表达的蛋白质在食管鳞癌患者癌组织中特异性表达水平 上调， TD累积的超级增强子在食管鳞癌 患者癌组织中特异性表达水平上调。 5.根据权利要求4所述的应用， 其特征在于： TD累积的超级增强子在食管鳞癌患 者癌组 织中特异性表达水平上调会显著上调PTHLH基因的表达 。权　利　要　求　书 1/1 页 2 CN 114990219 A 2基因PTHLH作为靶点在食管鳞癌辅助诊断、 预后判断和治疗中 的应用 技术领域 [0001]本发明属于生物医药技术领域， 具体涉及基因PTHLH作为靶点在食管鳞癌辅助诊 断、 预后判断和治疗中的应用， 更进一步的， 串联重复 （tandem  duplication， TD） 的结构变 异驱动的PTHLH作为食管鳞癌靶点在食管鳞癌辅助诊断、 预后判断和治疗中的应用。 背景技术 [0002]食管癌是消化系统最常见的恶性肿瘤之一， 在世界范围内发病率和死亡率均位居 前列。 食管癌有两种主要的组织学类型： 食管腺癌 （EAC） 和食管鳞状细胞癌 （ESCC） 。 其中 ESCC是中国的主要组织学类型， 与其他国家相比， 其发病率和死亡率都最高。 近些年， 尽管 在诊断和治疗方面取得了技术进步， 但由于诊断较晚同时缺 乏有效靶点的缘故， 该病的预 后仍然很差。 因此， 探寻ES CC的发病发展机制以及潜在的治疗靶点， 推动ES CC的个性化治疗 成为现阶段的重要任务。 [0003]在过去的十年中， 研究人员从不同的角度深入探讨了ESCC中潜在的驱动靶点， 如 不同的群体、 多位点测序和组学整合分析。 基于基因组测序， 这些研究探索出在ES CC肿瘤发 生过程中发挥重要作用的显著突变基因， 包括NOTCH1、 ZNF750、 NFE2L2以及PIK3CA等。 但是， ESCC中不仅仅只是涉及到显著的基因突变， 同时还存在大量的结构变异 （SV） ， 它们可能会 累及到更多的驱动基因， 对基因功能乃至肿瘤的发展产生更加深远的影响。 [0004]根据前期的研究结果显示， 检测到包括缺失 （deletion） ， 倒置(inversion)以及串 联重复 （tandem  duplication， TD） 在内的多种结构变异 类型， 它们在ESCC中频繁出现， 并且 累及到多种潜在的驱动基因， 包括KLF5， ERBB2等癌基因， 以及CDKN2A， FAT1等抑癌基因。 此 外， 结构变异不仅会累及基因本体区域， 它还 会影响到调控区域 （如增强子） 的拷贝数扩增。 [0005]PTHLH是甲状旁腺激素样激素， 该基因编码的蛋白质是甲状旁腺激素家族中的一 员， 该激素通过其受体PTHR1调节乳腺和牙齿形成过程中的软骨内骨发育以及上皮 ‑间充质 的相互作用。 同时也是细胞器官生长、 发育、 迁移、 分化以及上皮钙离子转运的重要调节因 子， 骨骼内稳态所必须。 PTHLH主要与B族G蛋白偶联受体成员甲状旁腺激素/甲状旁腺激素 相关蛋白受体 （P TH/PTHLH ‑1型受体， PTH1R） 相互作用， 通过激活cA MP/PKA或者IP3/PKC信号 级联来控制多种细胞功能。 [0006]在已发表的肿瘤研究当中， PTHLH基因在多种癌症当中发挥了重要作用。 PTHLH的 表达蛋白PTHrP对骨骼和乳 腺的发育尤为重要， 它发挥着旁分泌与内分泌的作用， 同时也在 超过三分之二的乳腺肿瘤组织样本中高表达。 它被认为影响了乳腺癌细胞的增殖与迁移， 大量文献已经确 定PTHrP蛋白是乳腺癌骨转移的促进因素， 这种作用主要归因于TGFb驱动 的PTHrP旁分泌以及随后的骨溶解和高钙血症， 原发性肿瘤中高水平的PTHrP蛋白也与骨转 移的风险增加有关。 同时PTHLH也作为三阴性乳腺癌的易感性基因而存在。 在结直肠癌中， PTHLH也参与了重要的功能调节， 研究人员发现PTHrP的过度 表达与结直肠癌细胞在体外和 体内的迁移与侵袭的增加有关。 PTHrP可能通过ERK/RSK信号通路途径 诱导细胞迁移以及调说　明　书 1/15 页 3 CN 114990219 A 3