(19)国家知识产权局 (12)发明 专利申请 (10)申请公布号 (43)申请公布日 (21)申请 号 202210687830.0 (22)申请日 2022.06.17 (71)申请人 湖北中医药大学 地址 430000 湖北省武汉市洪山区黄家湖 西路1号 (72)发明人 刘义飞　刘迪　池玉洁　刘微　 (74)专利代理 机构 武汉智嘉联合知识产权代理 事务所(普通 合伙) 42231 专利代理师 徐绍新 (51)Int.Cl. C12Q 1/6895(2018.01) C12Q 1/6858(2018.01) C12N 15/11(2006.01) (54)发明名称 基于黄连全基因组开发的SSR分子标记引物 组及其应用 (57)摘要 本发明公开了一组基于黄连全基因组开发 的SSR引物组， 属于分子标记技术领域。 所述引物 组共由22对引物组成， 这22对引物的序列如SEQ   ID NO:1‑44所示， 本发明还提供了所述SSR分子 标记引物组在黄连遗传多样性分析和种质资源 遗传系谱分析中的应用， 所述引物组能有效对不 同基源的黄连、 不同生境条件下的野生及栽培黄 连种质资源进行遗传多样性分析及群体聚类分 析。 这22对引物具有多态性丰富、 扩增稳定、 重复 性好等优点， 是首次基于黄连全基因组开发的 SSR分子标记并进行群体遗传多样性分析， 本发 明为进行黄连种质资源遗传 多样性保护、 亲缘关 系研究、 核心种质库筛 选奠定了基础。 权利要求书3页 说明书8页 序列表7页 附图2页 CN 114875169 A 2022.08.09 CN 114875169 A 1.一组基于黄连全基因组开发的SSR分子标记引物 组， 其特征在于， 所述引物组共由22 对引物组成， 这22对引物针对的SSR分子标记分别为CC3、 CC6、 CC18、 CC27、 CC29、 CC38、 CC43、 CC49、 CC53、 CC57、 CC90、 CC98、 CC103、 CC106、 CC113、 CC117、 CC129、 CC134、 CC144、 CC162和 CC169、 CC179， 引物序列如下： (1)扩增S SR分子标记的C C3引物： SEQ ID NO:1： CC3‑F： 5'‑TATTGTGGGTGAAGTTATGG‑3' SEQ ID NO:2： CC3‑R： 5'‑GTGTTATTTTGTCGTTTAGTGA‑3' (2)扩增S SR分子标记的C C6引物： SEQ ID NO:3： CC6‑F： 5'‑GATAAAGGGGACCAAGAC‑3' SEQ ID NO:4： CC6‑R： 5'‑GTAGCGAATGGGCAATA‑3' (3)扩增S SR分子标记的C C18引物： SEQ ID NO:5： CC18‑F： 5'‑CCGTTCACCCACTACAA‑3' SEQ ID NO:6： CC18‑R： 5'‑AAAGCAAACACCTCCAA‑3' (4)扩增S SR分子标记的C C27引物： SEQ ID NO:7： CC27‑F： 5'‑CTAAACAAGATTTCGTTACTCC‑3' SEQ ID NO:8： CC27‑R： 5'‑AAGGCTATTCTCAAAGCACTA‑3' (5)扩增S SR分子标记的C C29引物： SEQ ID NO:9： CC29‑F： 5'‑GGAGACTCACTGC CAACA‑3' SEQ ID NO:10： CC29‑R： 5'‑CGAGAAATGACCAAGGAA‑3' (6)扩增S SR分子标记的C C38引物： SEQ ID NO:11： CC38‑F： 5'‑GTAACCAAACCCCTTCT‑3' SEQ ID NO:12： CC38‑R： 5'‑CTCGTCCACTAAAATCCA‑3' (7)扩增S SR分子标记的C C43引物： SEQ ID NO:13： CC43‑F： 5'‑ATTACGAGAAAGGTGGAG‑3' SEQ ID NO:14： CC43‑R： 5'‑GATGTGATG GGAGGAGA‑3' (8)扩增S SR分子标记的C C49引物： SEQ ID NO:15： CC49‑F： 5'‑TGAAATGTTCGGCTCTT‑3' SEQ ID NO:16： CC49‑R： 5'‑GCCAACGGTGGTCTAAT‑3' (9)扩增S SR分子标记的C C53引物： SEQ ID NO:17： CC53‑F： 5'‑TCGTTTCCGTCAAGTGC‑3' SEQ ID NO:18： CC53‑R： 5'‑TCAAGATGCCAACCTCC‑3' (10)扩增S SR分子标记的C C57引物： SEQ ID NO:19： CC57‑F： 5'‑CGGAAGAATAGGCAATG‑3' SEQ ID NO:20： CC57‑R： 5'‑TGTCACTCGC CAGAAAT‑3' (11)扩增SSR分子标记的C C90引物： SEQ ID NO:21： SSR11‑F： 5'‑ATTGGAGATACCGTGAA‑3' SEQ ID NO:22： SSR11‑R： 5'‑GAAATAGGAGGAATAGTGAT ‑3' (12)扩增S SR分子标记的C C98引物： SEQ ID NO:23： CC98‑F： 5'‑CGGAACCCTAACAAGAT‑3'权　利　要　求　书 1/3 页 2 CN 114875169 A 2SEQ ID NO:24： CC98‑R： 5'‑CGATGCCAAATGTATGA ‑3' (13)扩增S SR分子标记的C C103引物： SEQ ID NO:25： CC103‑F： 5'‑TGCGTCACAGT TTCAGT‑3' SEQ ID NO:26： CC103‑R： 5'‑CGTAAGATAGCAGCATAGAG ‑3' (14)扩增S SR分子标记的C C106引物： SEQ ID NO:27： CC106‑F： 5'‑GGGGATTGAGGATGGAA‑3' SEQ ID NO:28： CC106‑R： 5'‑CCCTTGTGGGAACTTTA‑3' (15)扩增S SR分子标记的C C113引物： SEQ ID NO:29： CC113‑F： 5'‑TTTCTGTTTTCTCCGCTAT‑3' SEQ ID NO:30： CC113‑R： 5'‑AAATGTCCTTGGGTTCA‑3' (16)扩增S SR分子标记的C C117引物： SEQ ID NO:31： CC117‑F： 5'‑AAATGTAGGAGCAGAGC ‑3' SEQ ID NO:32： CC117‑R： 5'‑GAAAGGGAGTTAGAAGAA‑3' (17)扩增S SR分子标记的C C129引物： SEQ ID NO:33： CC129‑F： 5'‑GCCACATTATTTATTACC‑3' SEQ ID NO:34： CC129‑R： 5'‑TAGTTTACGAGGCTTTC‑3' (18)扩增S SR分子标记的C C134引物： SEQ ID NO:35： CC134‑F： 5'‑GAGGGTGAAGCCGTTAT‑3' SEQ ID NO:36： CC134‑R： 5'‑TCTGCCAAGGGTGTATC‑3' (19)扩增S SR分子标记的C C144引物： SEQ ID NO:37： CC144‑F： 5'‑TCGCATTCCAGTAACCA‑3' SEQ ID NO:38： CC144‑R： 5'‑ATCCCTGAAACCATAAGT‑3' (20)扩增S SR分子标记的C C162引物： SEQ ID NO:39： CC162‑F： 5'‑CCCTGTGGTGAGATTTG‑3' SEQ ID NO:40： CC162‑R： 5'‑TTTACGCTCT TGTCCCT‑3' (21)扩增S SR分子标记的C C169引物： SEQ ID NO:41： CC169‑F： 5'‑TCTTCCCTCCTCCACAA‑3' SEQ ID NO:42： CC169‑R： 5'‑TCCAGCGAGC CTCTTAT‑3' (22)扩增SSR分子标记的C C179引物： SEQ ID NO:43： CC179‑F： 5'‑AGTGATGTATCG GTTGTC‑3' SEQ ID NO:44： CC179‑R： 5'‑AAATAAGTAAGCGTCCTC‑3'。 2.权利要求1所述引物组在黄连群 体遗传多样性分析及种质资源鉴定中的应用。 3.一种黄连群 体遗传多样性分析及种质资源鉴定方法， 其特 征在于包括以下步骤： (1)提取待测黄连样品DNA； (2)在权利 要求1所述引物组的每对引物的正向引物加上通用M13接头序列， 得到M13接 头正向引物； (3)以步骤(1)提取的DNA为模板， 以权利要求1所述引物组的每对引物的反向引物、 M13 接头正向引物进行PCR扩增， 得到荧 光PCR扩增产物； (4) 将步骤(3)得到的荧光PCR扩增产物进行毛细管荧光电 泳检测， 使用权　利　要　求　书 2/3 页 3 CN 114875169 A 3