(19)国家知识产权局 (12)发明 专利申请 (10)申请公布号 (43)申请公布日 (21)申请 号 202210728395.1 (22)申请日 2022.06.24 (71)申请人 广西大学 地址 530004 广西壮 族自治区南宁市西乡 塘区大学东路10 0号 (72)发明人 杨秀荣　杨祝良　杜文娅　邓继贤　 黎剑能　 (74)专利代理 机构 南宁颂博远信知识产权代理 事务所(普通 合伙) 45141 专利代理师 兰亚君 (51)Int.Cl. C12Q 1/6888(2018.01) C12N 15/11(2006.01) (54)发明名称 基于全基因组关联分析筛选的与南丹瑶鸡 毛脚相关的SNP分子标记组合及应用 (57)摘要 本发明公开了一种基于全基因组关联分析 筛选的南丹瑶鸡毛脚相关的SNP分子标记组合， 包括下列10个SNP标记中的至少一个或几个组 合， 所述SNP标记的编号分别为： Chr27_2165326、 Chr27_1250142、 Chr27_1249910、 Chr25_ 2054566、 Chr15_13017505、 Chr15_12921775、 Chr15_12832403、 Chr15_12578741、 Chr15_ 12427146、 Chr15_12331760， 核苷酸序列分别如 SEQID NO.1～10所示， 它们的信息如表1所示。 本 发明提供南丹瑶鸡毛脚表型相关的SNP分子标记 组合， 运用全基因组关联分析筛选与南丹瑶鸡毛 脚显著相关的SNP分子标记， 可用于南丹瑶鸡分 子标记辅助育种， 加快选育有毛脚或无毛脚的纯 系南丹瑶鸡。 本发明利用SNP分子标记对南丹瑶 鸡的毛脚性状进行鉴定， 可显著提高选择效率， 加快育种进程。 权利要求书1页 说明书6页 序列表2页 附图1页 CN 115125310 A 2022.09.30 CN 115125310 A 1.一种基于全基因组关联分析筛选的南丹瑶鸡毛脚相关的SNP分子标记组合， 其特征 在于， 包括下列10个SNP标记中的至少一个或几个组合， 所述SNP标记的编号分别为： Chr27_ 2165326、 Chr27_1250142、 Chr27_1249910、 Chr25_2054566、 Chr15_13017505、 Chr15_ 12921775、 Chr15_12832403、 Chr15_12 578741、 Chr15_12427146、 Chr15_12331760， 核苷酸序 列分别如SEQ  ID NO.1～10所示， 它 们的信息如表1所示。 2.根据权利要求1基于全基因组关联分析筛选的南丹瑶鸡毛脚相关的SNP分子标记组 合， 其特征在于， 包括2个SNP标记， 所述SNP标记的编号分别为： Chr25_2054566、 Chr15_ 12578741， 核苷酸序列分别如SEQ  ID NO.4和SEQ  ID NO.8所示， 它 们的信息如表1所示。 3.根据权利要求1所述的SNP分子标记组合在南丹瑶鸡毛脚性状分子标记辅助育种中 的应用。 4.根据权利要求1所述的SNP分子标记组合在检测试剂盒中的应用。 5.利用分子生物学技术检测南丹瑶鸡基因型的方法， 其特征在于， 包括以下步骤： 根据 权利要求 1所述的SNP分子标记 位点两侧翼的核苷酸序列分别设计引物， 利用引物对待测南 丹瑶鸡材 料进行基因分型， 从而鉴定待测南丹瑶鸡的基因型。 6.权利要求5所述的方法在南丹瑶鸡毛脚性状分子标记辅助育种中的应用。权　利　要　求　书 1/1 页 2 CN 115125310 A 2基于全基因组关联分析筛选的与南丹 瑶鸡毛脚相关的SNP分 子标记组合及应用 技术领域 [0001]本发明涉及分子生物学技术领域， 特别涉及基于全基因组关联分析筛选的南丹瑶 鸡毛脚相关的SNP分子标记组合及应用。 背景技术 [0002]广西具有丰富的地方鸡种质资源， 包括广西麻鸡、 南丹瑶鸡、 龙胜凤鸡等7个地方 鸡品种。 其中南丹瑶鸡和龙胜凤鸡的胫部均具不同程度的羽毛量。 毛脚是鸡比较典型 的外 貌特征， 在一定程度上影响消费者的购买力。 目前， 广西地方鸡种南丹瑶鸡并没有针对毛脚 性状进行选育。 根据市场需求， 尤其在喜食鸡肉的两广地区， 提供特定有 无毛脚鸡的纯系南 丹瑶鸡群 体， 有利于提高其市场销量。 [0003]家禽羽毛发育起始于毛囊。 毛囊控制着羽毛的生长、 更替及其形态结构。 禽类毛脚 属于皮肤附属物， 在脊椎动物发育过程中， 其通过外胚层表皮和中胚层真皮之间的相互作 用形成， 并且由来自真皮的信号决定了表皮附属物的命运。 鸡祖先的脚部有鳞片覆盖， 由于 基因发生突变， 这些鳞片的一部 分转化为羽毛， 形成所谓的毛脚。 毛脚的羽毛量在同一品种 变异比较大， 在南丹瑶鸡群体中， 可分为中毛、 少 毛的毛脚(如图1所示)。 Sun等利用全基因 组关联分析方法， 将与毛脚性状有关的基因组区域分别定位在GGA13上的55  cM/1.56Mb、 GGA15上的47cM/12.22Mb、 GGA8上的71cM/22.82和  GGA12上的4cM/11.50Mb处。 由于标记密 度和连锁分析的局限性和品种间的差异 导致出现不同结果。 不利于后续功能基因的精准定 位。 [0004]公开于该背景技术部分的信息仅仅旨在增加对本发明的总体背景的理解， 而不应 当被视为承认或以任何形式暗示该信息构成已为本领域 一般技术人员所公知的现有技 术。 发明内容 [0005]本发明的目的在于提供一种基于全基因组关联分析筛选的与南丹瑶鸡毛脚相关 的SNP分子标记组合， 可以简单 快捷的鉴定出 具有毛脚性状的南丹瑶鸡个 体。 [0006]本发明的另一个目的在于基于全基因组关联分析筛选的与南丹瑶鸡毛脚相关的 SNP分子标记组合的应用 [0007]为实现上述目的， 本发明提供了一种基于全基因组关联分析筛选的南丹瑶鸡毛脚 相关的SNP分子标记组合， 包括下列10个SNP标记中的至少一个或几个组合， 所述SNP标记的 编号分别为： Chr27_2165326、 Chr27_1250142、  Chr27_1249910、 Chr25_2054566、 Chr15_ 13017505、 Chr15_12921775、  Chr15_12832403、 Chr15_12578 741、 Chr15_12427146、 Chr15_ 12331760， 核苷酸序列分别如SEQ  ID NO.1～10所示， 它们的信息如表1所示。 表1中提供了 每个SNP标记前后共101bp的碱基序列， 并且在第51bp处存在碱基 变异。 [0008]优选地， 基于全基因组关联分析筛选的南丹瑶鸡毛脚相关的SNP分子标记组合， 包 括2个SNP标记， 所述SNP标记的编号分别为： Chr2 5_2054566、 Chr15_12 578741， 核苷酸序列说　明　书 1/6 页 3 CN 115125310 A 3