(19)国家知识产权局 (12)发明 专利申请 (10)申请公布号 (43)申请公布日 (21)申请 号 202210574965.6 (22)申请日 2022.05.24 (71)申请人 新疆农业科 学院园艺作物研究所 地址 830091 新疆 维吾尔自治区乌鲁 木齐 市沙依巴克区南昌路40 3号 (72)发明人 王柏柯　杨涛　黄少勇　王娟　 李宁　杨海涛　余庆辉　 (74)专利代理 机构 乌鲁木齐博亚思知识产权代 理事务所(普通 合伙) 65110 专利代理师 王志刚 (51)Int.Cl. C12Q 1/6895(2018.01) C12Q 1/6858(2018.01) C12N 15/11(2006.01) (54)发明名称 与番茄雄性不育基因ms-7紧密连锁的InDel 分子标记及其引物和应用 (57)摘要 本发明公开了一种 与番茄雄性不育基因ms ‑ 7紧密连锁的InDel分子标记TMMS7， 位于第11号 染色体8638522bp的位置， 其核苷酸序列如SEQ   ID NO.5所示， 其由如SEQ  ID NO.3和SEQ  ID  NO.4所示的引物序列扩增得到。 本发明所开发的 与番茄雄性不育基因紧密连锁的InDel分子标 记， 是一对共显性的特异性分子标记， 其物理位 置明确， 鉴定方便， 在育苗床上幼苗期检测准确 率达100％， 省去了定植后等到开花期才能鉴定 雄性不育， 节省了劳力成本和时间成本。 同时， 省 去了制种过程中母本人工去雄的复杂程序， 大大 提高了育种效率和生产效率。 权利要求书1页 说明书4页 序列表2页 附图3页 CN 114807425 A 2022.07.29 CN 114807425 A 1.一种与番茄雄性不育基因ms ‑7紧密连锁的InDel分子标记， 其特征在于， 所述分子标 记TMMS7， 其物理位置基于番茄参考基因组第8638522bp处， 存在如SEQ  NO.5所示的核苷酸 序列插入或缺 失； 根据上述插入或缺 失位点InDel分子标记， 设计扩增InDel分子标记的PCR 引物序列： 如下所示： TMMS7 ‑F:5’ ‑CCAAATTCGCCTTAGGAACA ‑3’， 即SEQ NO.3和TMMS7 ‑R:5’ ‑ AAATCGGGGGTTTTGTGTCT‑3’， 即SEQ NO.4。 2.根据权利 要求1所述一种与番茄雄性不育基因ms ‑7紧密连锁的InDel分子标记， 其特 征在于， 采用所述引物序列对待检样品进行PCR检测， 如果扩增出295bp， 如SEQ  NO.1所示的 一条片段， 则该样品的两个等位基因均为ms ‑7， 表型为雄性不育； 如果扩增出320bp如SEQ   NO.2所示的一条片段， 则该样品的两个等位基因均为MS ‑7， 表型为雄性可育； 如果扩增出 295bp和320bp的两条片段， 则该样品的一个等位基因为ms ‑7， 另一个等位基因为MS ‑7， 表型 为雄性可育。 3.一种试剂盒， 其特 征在于， 包括权利要求1所述的引物序列。 4.权利要求1所述一种与番茄雄性不育基因ms ‑7紧密连锁的InDel分子标记， 其在与番 茄雄性不育基因型和表型鉴定中的应用。 5.权利要求1所述一种与番茄雄性不育基因ms ‑7紧密连锁的InDel分子标记， 其在与番 茄雄性不育辅助育种和制种中的应用。 6.根据权利要求4或5所述的应用， 其特征在于， 包括以下下步骤： 以待检测的番茄基因 组DNA为模板， 使用权力要求1所述的引物进行PCR扩增； 对PCR产物进行电泳、 染色、 显影和 读带， 如果只含有如SEQ  NO.1所示的2 95bp的一条片段， 则该样品可判断为 雄性不育。权　利　要　求　书 1/1 页 2 CN 114807425 A 2与番茄雄性不育基因m s‑7紧密连锁的InDel分子标记及其引 物和应用 技术领域 [0001]本发明属于植物生物技术领域， 具体涉及与番茄雄性不育基因ms ‑7紧密连锁的 InDel分子标记及其引物和应用。 背景技术 [0002]番茄(Solanum  lycopersicum)是重要的蔬菜和经济作物， 在世界范围内广受欢 迎。 我国是鲜食番茄第一大生产国， 也是加工番茄的第三大生产国， 在世界番茄市场中具有 举足轻重的地位。 近年来， 由于经济原因及品质问题， 我国番茄酱的出口量有所大幅减少， 加工番茄栽培面积也萎缩严重。 杂种优势是生物界的普遍现象， 是改良作物、 大幅度提高产 量的重要途径。 从20世纪初开始， 在各种 作物中已先后发现了雄性不育现象， 并且在生产上 利用雄性不育生产杂交种。 在一些作物中， 如玉米、 高粱、 水稻等作物上已经取得了较大成 就。 番茄是自花授粉作物， 杂种优势十 分明显， 杂交种比普通品种增产 20％‑30％以上， 而且 整齐度高， 抗逆性 强。 随着番茄高产、 优质、 抗逆等多目标育种难度的增加， 利用杂种互补效 应实现番茄产量、 品质、 抗性等性状的同步突破， 已成为番茄育种研究的一个重要发展方 向。 由于目前番茄雄性不育系利用上尚存在一定困难， 生产上大面积推广的杂交种， 仍然以 人工去雄为主， 制种成本过高已成为番茄杂种优势利用的主要限制因素之一。 因此， 杂种番 茄的大规模推广利用仍有待于高效率、 低投入的制种方法突破。 雄性不育系在蔬菜杂交制 种上的应用为番茄杂交种子生产提供了新思路， 由于目前番茄雄性不育系在利用上尚存在 一定困难， 在利用雄性不育系进行育种时， 其后代可育株与不育株发生分离。 利用分子标 记， 在幼苗时期鉴别不育株和可育株， 解决了原 来两用系只有在开花时， 才能鉴别不育株和 可育株的问题。 而一般的不育系其商品性状较差， 所以在实际应用中需将雄性不育基因进 行转育。 但是普通的不育系转育周期 很长， 要通过杂交、 自交各重复多代才可能转育成一个 优良的雄 性不育系。 如何在早期有效地 鉴定可育株与不育株， 将直接影响其应用价 值。 发明内容 [0003]本发明的目的是提供一种与 番茄雄性不育基因ms ‑7紧密连锁的InDel分子标记及 其引物和应用， 旨在应用于番茄雄性不育鉴定及相关的辅助育种中， 能够快速有效地进行 雄性不育基因型鉴定、 转育育种和 生产制种， 以克服现有技术转育及制种 过程中耗时耗力 及种子不纯的缺陷。 [0004]本发明的目的通过下述技术方案实现： 通过序列比对， 在番茄参考基因组 (https://solgenomics.net/organism/Solanum_lycopersicum/genome)11号染色体 8638522bp的位置获得一个插入/缺失(AGGAATTATAAACTCTAATTCCTAG)的多态性位点， 如SEQ   ID NO.5所述。 [0005]根据多态性位点的两侧 序列信息， 设计了一对适于所述InDel分子标记的引物， 其 上游引物序列如SEQ  ID NO.3和下游引物序列如SEQ  ID NO.4所示。说　明　书 1/4 页 3 CN 114807425 A 3