(19)国家知识产权局 (12)发明 专利申请 (10)申请公布号 (43)申请公布日 (21)申请 号 202210747280.7 (22)申请日 2022.06.28 (71)申请人 中国医学 科学院医学生物学研究所 地址 650106 云南省昆明市五华区茭菱路 935号 (72)发明人 刘红旗　徐婧雯　陈双　鲁帅尧　 丁开云　杨云　陈泓宇　杨程云　 刘建生　 (74)专利代理 机构 北京高沃 律师事务所 1 1569 专利代理师 苏士莹 (51)Int.Cl. C12Q 1/70(2006.01) C12Q 1/686(2018.01) C12N 15/11(2006.01) C12R 1/93(2006.01) (54)发明名称 一组鉴别Delta变异毒株和Omicron变异毒 株的引物组和试剂盒 (57)摘要 本发明提供了一组鉴别Delta变异毒株和 Omicron变异毒株的引物组和试剂盒， 涉及核酸 检测技术领域。 本发明所述引物组， 利用Delta毒 株和Omicron毒株相对于新冠病毒的缺失基因分 别设计得到， 并将所述引物组和探针组合制备试 剂盒， 应用所述试剂盒检测新冠病毒具有较高的 特异性和灵敏度。 本发明设计的引物组或试剂盒 在鉴定新冠病毒感染的同时提高了对新冠病毒 Delta和Omicron变异 株的检出效率， 为临床医生 和患者争取确诊和治疗的先机， 同时为诊断共感 染提供了 检测手段， 有利于公共卫 生健康。 权利要求书1页 说明书9页 序列表2页 附图5页 CN 115058543 A 2022.09.16 CN 115058543 A 1.一组鉴别Delta变异毒株和Omicron变异毒株的引物组， 其特征在于， 针对Delta变异 毒株设计的正向引物由缺 失位点前后的各9个核苷 酸组成； Omicr on变异毒株 设计的正向引 物由缺失位 点前的8个核苷酸至缺失位 点后的6个核苷酸组成； 所述缺失位点为Delta变异毒株和Omicron变异毒株相对于SARS ‑CoV‑2病毒原型株的 缺失位点。 2.根据权利要求1所述引物组， 其特征在于， 针对Delta变异毒株设计的正向引物的核 苷酸序列如SEQ  ID NO.1所示； 针对Omicron变异毒株设计的正向引物的核苷酸序列如SEQ  ID NO.2所示。 3.根据权利 要求1或2所述引物组， 其特征在于， 针对Delta变异毒株设计的反向引物的 核苷酸序列如SEQ  ID NO.3所示； 针对Omicron变异毒株设计的反向引物的核苷酸序列如SEQ  ID NO.4所示。 4.一种鉴别Delta变异毒株和Omicron变异毒株的试剂盒， 其特征在于， 包括权利要求1 ～3任一项所述引物组。 5.根据权利 要求4所述试剂盒， 其特征在于， 还包括分别针对Delta变异毒株和Omicron 变异毒株设计的探针。 6.根据权利要求5所述试剂盒， 其特征在于， 针对Delta变异毒株设计的探针的核苷酸 序列如SEQ  ID NO.5所示； 针对Omicron变异毒株设计的探针的核苷酸序列如SEQ  ID NO.6所示。 7.根据权利要求5或6所述试剂盒， 其特征在于， 针对Delta变异毒株和 Omicron变异毒 株设计的探针上包 含不同的荧 光标记。 8.根据权利要求7 所述试剂盒， 其特 征在于， 所述 荧光标记包括ROX、 FAM或Cy5 。 9.根据权利要求4～8任一项所述试剂盒， 其特征在于， 当利用所述试剂盒进行一步法 单重qRT‑PCR检测时， 检测体系以20μL计， 包括： 10μL  2×One Step RT‑PCR Buffer III、 0.4μL Takara ExTaq HS、 0.4μL  PrimeScript  RT Enzyme Mix II、 200nM的正向引物、 200nM的反向引物、 20 0nM探针、 3 μL模板和余 量的无核酸酶水； 检测程序包括： 42℃5mi n； 95℃10s； 95℃5s， 57℃34s， 40个 循环。 10.根据权利要求4～8任一项所述试剂 盒， 其特征在于， 当利用所述试剂 盒进行一步法 三重qRT‑PCR检测时， 检测体系以20μL计， 包括： 10μL  2×One Step RT‑PCR Buffer III、 0.4 μL Takara ExTaq HS、 0.4 μL  PrimeScript  RT Enzyme Mix II、 0.3 μL的引物和探针的 混合液、 3 μL模板和余 量的无核酸酶水； 检测程序包括： 42℃5mi n； 95℃10s； 95℃5s， 57℃34s， 40个 循环。权　利　要　求　书 1/1 页 2 CN 115058543 A 2一组鉴别Delta变异毒株和Omicron变异毒株的引物组和试 剂盒 技术领域 [0001]本发明属于核酸检测 技术领域， 具体涉及一组鉴别Delta变异毒株和 Omicron变 异毒株的引物组和试剂盒。 背景技术 [0002]目前市面上获批的检测试剂盒是基于新冠病毒 ORF1ab基因和N基因设计的一步法 RT‑PCR。 然而， 由于病毒存在突变特性， 导致不停出现新的突变株， 给病毒的检测、 诊断和控 制带来了巨大的挑战。 最近清华大学基于数字P CR 技术研发的核酸检测试剂盒灵敏度高达 100copies/ ml， 但该方法不能区别不同的突变体， 仍然需要测序来确定突变株， 时间成本和 金钱成本消耗巨大。 因此亟需一种能够鉴定新冠病毒并同时完成不同突变 株鉴别的方法。 发明内容 [0003]有鉴于此， 本发明的目的在于提供一组鉴别Delta变异毒株和Omicron 变异毒株 的引物组和试剂盒， 利用所述引物组和试剂盒， 可实现一步法单重或三重qRT ‑PCR检测新冠 病毒以鉴定新冠病毒感染的同时， 区分是Delta或 Omicron毒株引起的感染抑或是共感染， 特异性好， 灵敏度高。 [0004]为了实现上述发明目的， 本发明提供以下技 术方案： [0005]本发明提供了一组鉴别Delta变异毒株和Omicron变异毒株的引物组， 针对Delta 变异毒株设计的正 向引物由缺失位点前后的各9个核苷酸组成； Omicron变异毒株设计的 正向引物由缺失位 点前的8个核苷酸和缺失位 点后的6个核苷酸组成； [0006]所述缺失位点为Delta变异毒株和Omicron变异毒株相对于 SARS ‑CoV‑2病毒原型 株的缺失位 点。 [0007]优选的， 针对Delta变异毒株设计的正向引物的核苷酸序列如SEQ ID NO.1所示； [0008]针对Omicron变异毒株设计的正向引物的核苷酸序列如SEQ ID NO.2 所示。 [0009]优选的， 针对Delta变异毒株设计的反向引物的核苷酸序列如SEQ ID NO.3所示； [0010]针对Omicron变异毒株设计的反向引物的核苷酸序列如SEQ ID NO.4 所示。 [0011]本发明还提供了一种鉴别 Delta变异毒株和Omicron变异毒株的试剂盒， 包括上述 引物组。 [0012]优选的， 还 包括分别针对Delta变异毒株和O micron变异毒株设计的探针。 [0013]优选的， 针对Delta变异毒株设计的探针的核苷酸序列如SEQ ID NO.5 所示； [0014]针对Omicron变异毒株设计的探针的核苷酸序列如SEQ ID NO.6所示。 [0015]优选的， 针对Delta变异毒株和Omicron变异毒株设计的探针上包含不同的荧光标 记。 [0016]优选的， 所述 荧光标记包括ROX、 FAM或Cy5 。 [0017]优选的， 当利用所述试剂盒进行一步法单重qRT ‑PCR检测时， 检测体系以20μL计，说　明　书 1/9 页 3 CN 115058543 A 3