(19)国家知识产权局 (12)发明 专利申请 (10)申请公布号 (43)申请公布日 (21)申请 号 202210641053.6 (22)申请日 2022.06.08 (71)申请人 北京贝康医学检验所有限公司 地址 102600 北京市大兴区北京经济技 术 开发区科创六街88号院2号楼三单元 201室 (72)发明人 李宁　袁利芳　邓熙妍　 (51)Int.Cl. C12Q 1/6883(2018.01) C12Q 1/686(2018.01) C12N 15/11(2006.01) (54)发明名称 一种用于STR连锁分析的引物组合物、 检测 方法和应用 (57)摘要 本申请涉及一种用于STR连锁分析的引物组 合物、 检测方法和应用。 所述引物组合物包括以 下组分： 组分A： 荧光素标记的通用引物， 其包括 上游引物1和下游引物1， 且所述上游引物1和下 游引物1的至少一种标记有荧光素； 组分B： 用于 扩增特定STR基因座的引物， 其包括扩增特定S TR 基因座的上游引物和扩增特定S TR基因座的下游 引物， 且所述扩增特定STR基因座的上游引物的 碱基序列中包括所述上游引物1的碱基序列， 所 述扩增特定STR基因座的下游引物中包括所述下 游引物1的碱基序列。 利用上述引物组合物， 配合 两步法PCR扩增， 能够有效且经济地进行S TR连锁 分析， 进而能够较好地应用 在UPD患者遗传来源 的检测中。 权利要求书2页 说明书10页 序列表8页 附图1页 CN 114891880 A 2022.08.12 CN 114891880 A 1.一种用于STR连锁分析的引物组合物， 其特 征在于， 所述引物组合物包括以下组分： 组分A： 荧光素标记的通用引物， 其包括上游引物1和下游引物1， 且所述上游引物1和下 游引物1的至少一种标记有荧 光素； 组分B： 用于扩增特定STR基因座的引物， 其包括扩增特定STR基因座的上游引物和扩增 特定STR基因座的下游引物， 且 所述扩增特定STR基因座的上游引物的碱基序列中包括所述 上游引物1的碱基序列， 所述扩增特定STR基因座的下游引物中包括所述下游引物1的碱基 序列。 2.根据权利要求1所述的引物组合物， 其特征在于， 组分B中， 所述上游引物1的碱基序 列位于所述扩增特定STR基因座的上游引物的碱基序列的5 ’端； 和/或所述下游引物1的碱 基序列位于所述扩增特定STR基因座的下游引物的碱基序列的5 ’端。 3. 根据权利要求1或2所述的引物组合物， 其特征在于， 组分A中， 所述荧光素标记于所 述上游引物1和/或下游引物1 的5’端； 优选地， 所述荧光素选自FAM、 HEX、 TMR和  ROX中的任 意一种。 4.根据权利要求1或2所述的引物组合物， 其特征在于， 所述上游引物1的碱基序列为 5’ ‑TGTAAAACGACGGCCAGT‑3’； 所述下游引物1的碱基序列为5 ’ ‑CAGGAAACAGCTATGAC C‑3’。 5.一种利用如权利要求1 ‑4中任意一项所述的引物组合物进行UPD患者遗传来源的STR 连锁分析的检测方法， 其特 征在于， 所述方法包括如下步骤： S1， 将待测样本 的DNA、 所述引物组合物中的组分B和包含DNA聚合酶和dNTPs的反应液 混合， 获得扩增体系1； S2， 对所述扩增体系1进行第一 步PCR扩增， 得到扩增产物1； S3， 将所述扩增产物1、 所述引 物组合物中的组分A和包含DNA聚合酶和dNTPs的反应液 混合， 获得扩增体系2； S4， 对所述扩增体系2进行第二 步PCR扩增， 得到扩增产物 2； S5， 对所述扩增产物 2进行毛细管电泳， 对所述电泳的结果进行分析并作出判断。 6.根据权利要求5所述的方法， 其特征在于， 所述组分B中的特定STR基因座位于所述患 者的UPD染色体上； 优选地， 所述特定STR基因座在所述患者的双亲中的大小至少相差1个重 复数。 7.根据权利要求6所述的方法， 其特征在于， 若待测样本的电泳结果显示所扩增的特定 STR基因座的大小与其父亲染色体中相应的特定STR基因座的大小一致， 则 所述患者的UPD 染色体来源于父亲； 若待测样本的电泳结果显示所扩增的特定STR基因座的大小与其母亲 染色体中相应的特定STR基因座的大小一 致， 则所述患者的UP D染色体来源于母亲。 8.根据权利 要求5‑7中任意一项所述的方法， 其特征在于， 步骤S2中， 所述第一步PCR扩 增的条件 包括： 90℃~95℃预变性1~3分钟； 90℃~95℃变性15~30秒， 60℃~65℃退火延伸30~50秒， 70~72℃退火延伸30~50秒， 3~5 个循环； 90℃~95℃变性15~30秒， 58℃~60℃退火延伸30~50秒， 70~72℃退火延伸30~50秒， 10~ 12个循环； 70~72℃延伸5~10分钟。权　利　要　求　书 1/2 页 2 CN 114891880 A 29.根据权利 要求5‑7中任意一项所述的方法， 其特征在于， 步骤S4中， 所述第二步PCR扩 增的条件 包括： 90℃~95℃预变性1~3分钟； 90℃~95℃变性15~30秒， 58℃~60℃退火延伸30~50秒， 70~72℃退火延伸30~50秒， 30~ 35个循环； 70~72℃延伸5~10分钟。 10.一种如权利要求1 ‑4中任意一项所述的引物 组合物或权利要求5 ‑9中任意一项所述 的检测方法在UP D患者遗传来源检测中的应用。权　利　要　求　书 2/2 页 3 CN 114891880 A 3