(19)国家知识产权局 (12)发明 专利申请 (10)申请公布号 (43)申请公布日 (21)申请 号 20221072627 7.7 (22)申请日 2022.06.23 (71)申请人 中国水稻研究所 地址 310000 浙江省杭州市富阳区水稻所 路28号 (72)发明人 龚俊义　 (74)专利代理 机构 北京方韬法业专利代理事务 所(普通合伙) 11303 专利代理师 马丽莲 (51)Int.Cl. C12Q 1/6895(2018.01) C12N 15/11(2006.01) C12Q 1/6858(2018.01) (54)发明名称 一种水稻茎秆基部矮化相关的DNA选择标记 及其应用 (57)摘要 本发明公开了一种水稻茎秆基部矮化相关 的DNA选择标记， 所述DNA 选择标记为基于 水稻茎 秆基部矮化控制基因dJH3017的InDel位点开发 的、 与矮杆表型完全 连锁的标记， 所述InDel位点 位于水稻第二染色体16361797 ‑16361807。 本发 明还公开了一种试剂盒， 其包含 上述水稻茎秆基 部矮化相关的DNA选择标记的引物组合。 本发明 还公开了一种水稻茎秆基部矮化相关的DNA 选择 标记在(1)水稻茎秆基部矮化性状检测或鉴定中 的应用； 和/或(2)辅助水稻育种中的应用。 本发 明基于水稻基部矮化控制基因的InDel位点开发 了相关的DNA选 择标记及应用， 在水稻矮杆育种、 抗倒伏育种及高产育种中有重要利用价 值。 权利要求书1页 说明书3页 序列表4页 附图1页 CN 114875172 A 2022.08.09 CN 114875172 A 1.一种水稻茎秆基部矮化相 关的DNA选择标记， 其特征在于， 所述DNA选择标记为基于 水稻茎秆基部矮化控制基因dJH3017的InDel位点开发的、 与矮杆表型完全连锁的标记， 所 述InDel位点位于水稻第二染色体16 361797‑16361807。 2.根据权利 要求1所述的水稻茎秆基部矮化相关的DNA选择标记， 其特征在于， 所述DNA 选择标记为InDel标记、 KAS P标记、 PARMS标记、 CAP S或dCAPS标记。 3.根据权利要求2所述的水稻茎秆基部矮化相关的DNA选择标记， 其特征在于， 所述 InDel标记的PCR产物大小为5 0bp‑10kb， 优选 50bp‑1000bp， 更优选10 0‑200bp。 4.根据权利 要求1所述的水稻茎秆基部矮化相关的DNA选择标记， 其特征在于， 所述DNA 选择标记的引物组合 为： ID3017F:TCTTCCAGGGACTACGTGA A； ID3017R:CTTTGGGATTCCACGAATA。 5.一种试剂盒， 其特征在于， 包含权利要求1 ‑4任一项所述的水稻茎秆基部矮化相关的 DNA选择标记的引物组合。 6.一种权利要求1 ‑4任一项所述的水稻茎秆基部矮化相关的DNA选择标记的应用， 其特 征在于,所述应用为： (1)在水稻茎秆基部矮化 性状检测或鉴定中的应用； 和/或(2)在辅助水稻育种中的应用。 7.根据权利要求6所述的水稻茎秆基部矮化相关的DNA选择标记 的应用， 其特征在于, 所述在辅助水稻育种中的应用为： 鉴定是否将dJH3017基因的突变基因导入其他水稻品种 中， 所述突变基因在水稻第二染色体16 361797‑16361807缺失 11位； 所述水稻育种为： (1)水稻矮杆育种； 和/或(2)水稻抗倒伏育种； 和/或(3)水稻高产育种。 8.根据权利要求7所述的水稻茎秆基部矮化相关的DNA选择标记 的应用， 其特征在于, 所述其他水稻品种为具有S D1基因但株高仍旧过高的水稻。权　利　要　求　书 1/1 页 2 CN 114875172 A 2一种水稻茎秆基部矮化相关的DNA选择标记及其应用 技术领域 [0001]本发明涉及分子遗传育种领域， 特别是涉及一种水稻茎秆基部矮化相关的DNA选 择标记及其应用。 背景技术 [0002]水稻矮杆基因可以使水稻株高降低， 使水稻植株更不易倒 伏， 增加产量， 是水稻的 有利突变性状。 始于20世纪中期的水稻绿色革命基因SD1的应用， 水稻的株高得到显著的降 低， 部分解决了水稻高产与倒伏的矛盾。 目前在我国杂交稻中， 水稻矮源几乎都依赖于SD1， 且随着越来越多的籼粳杂交水稻的推广。 另外， 在水稻实践发现， 即使杂交水稻含有 纯合的 SD1基因， 部 分杂交稻组合的株高也过高， 加上穗部的重量重， 导致水稻倒伏和减产， 使部 分 组合的株高过高的矛盾更加突出。 近年来我国科学家克隆了一个控制水稻株高的半显性矮 杆基因SBI(Shornte d Basal Internodes)， 部分丰富了水稻的矮源， 更多水稻矮源的发现 和利用可以为我国育种家提供多种选择， 避免种质的单一化。 因此， 为了进一步拓宽水稻的 矮源利用， 挖掘新的矮杆基因资源、 并基于此开发新的DNA选择标记， 仍然是水稻分子遗传 育种研究中的一个重要方向。 发明内容 [0003]本发明要解决的技术问题是提供一种基于新的水稻茎秆矮化控制基因dJH3017的 InDel位点开 发的、 与矮杆表型完全连锁的分子标记及其应用， 以方便和加快矮杆控制基因 dJH3017导入到更多优良水稻品种中， 实现该基因的有效利用。 [0004]为解决上述 技术问题， 本发明采用如下技 术方案： [0005]一方面， 本发明提供了一种水稻茎秆基部矮化相关的DNA选择标记， 所述DNA选择 标记为基于水稻茎秆基部 矮化控制基因dJH3017的InDel位点开发的、 与矮杆表型完全连锁 的标记， 所述 InDel位点位于水稻第二染色体16 361797‑16361807。 [0006]作为本发明进一步地改进， 所述DNA选择标记为InDel标记、 KASP标记、 PARMS标记、 CAPS或dCAPS标记。 [0007]进一步地， 所述InDel标记的P CR产物大小为50b p‑10kb， 优选50b p‑1000bp， 更优选 100‑200bp。 [0008]进一步地， 所述DNA选择 标记的引物组合 为： [0009]ID3017F:TCTTCCAGGGACTACGTGA A； [0010]ID3017R:CTTTGGGATTCCACGAATA。 [0011]另一方面， 本发明还提供了一种试剂盒， 包含上述的水稻茎秆基部矮化相关的D NA 选择标记的引物组合。 [0012]再一方面， 本发明还提供了一种上述的水稻茎秆基部矮化相关的DNA选择标记的 应用， 所述应用为： [0013](1)在水稻茎秆基部矮化 性状检测或鉴定中的应用；说　明　书 1/3 页 3 CN 114875172 A 3