(19)国家知识产权局 (12)发明 专利 (10)授权公告 号 (45)授权公告日 (21)申请 号 202210684587.7 (22)申请日 2022.06.17 (65)同一申请的已公布的文献号 申请公布号 CN 114774538 A (43)申请公布日 2022.07.22 (73)专利权人 天津金域医学检验实验室有限公 司 地址 300457 天津市滨 海新区天津滨 海高 新区华苑产业区(环外)海泰华科五路 2号3号楼B座 (72)发明人 孙思哲　喻长顺　刘洪洲　陈建春　 贾晓冬　李行　汲珊珊　 (74)专利代理 机构 北京沁优知识产权代理有限 公司 11684 专利代理师 胡妍(51)Int.Cl. C12Q 1/6883(2018.01) C12Q 1/6851(2018.01) C12N 15/11(2006.01) 审查员 封丽娜 (54)发明名称 一种检测人TMLHE基因拷贝数缺失的方法及 试剂盒 (57)摘要 本发明提供一种检测人TMLHE基因拷贝数缺 失的方法及试剂盒， 以人基因组DNA为模板， 以引 物对TMLHE ‑CNV1和TMLHE ‑CNV2为引物， 通过荧光 半定量PCR分别扩增TMLHE基因的两个拷贝数变 异位点TMLHE ‑E2和TMLHE ‑E5的片段， 同时以引物 对OTC为引物扩增作为内参对照的OTC基因的部 分片段， 根据定量结果检测人TMLHE基因的拷贝 数变异类型。 本发明所涉及的方法不同于现有的 检测方法， 能够快速检测人TMLHE基因序列是否 正常， 并对其拷贝数变异类型进行判断， 具有敏 感度高、 特异性强、 检测靶点多、 检测速度快等特 点。 权利要求书1页 说明书5页 序列表2页 附图2页 CN 114774538 B 2022.10.11 CN 114774538 B 1.一种引物对在制备检测人TMLH E基因拷贝数缺失的试剂盒中的应用， 其特 征在于： 以人基因组DNA为模板， 以引物对TMLHE ‑CNV1和TMLHE ‑CNV2为引物， 通过荧光半定量 PCR分别扩增TMLHE基因的两个拷贝数变异位点TMLHE ‑E2和TMLHE ‑E5的片段， 同时以引物对 OTC为引物扩增作为内参对照的OTC基因的部分片段， 根据定量结果检测人TMLHE基因的拷 贝数变异类型； 所述引物对TMLH E‑CNV1为： 上游引物F1： 5 ’ ‑ACCGTGATGCGCT TTGATTAC‑3’ 下游引物R 1： 5’ ‑GAGTGTGGTCTCATC CAGACG‑3’； 所述引物对TMLH E‑CNV2为： 上游引物F2： 5 ’ ‑GGGAGGATGTGGTATTTCACTTCAG‑3’ 下游引物R2： 5 ’ ‑GAAAATAGGTAGTGTCAGTGTGC CG‑3’； 所述引物对OTC为： 上游引物F3： 5 ’ ‑CTCTCTGA AAGGTCTTACCCTCAGC‑3’ 下游引物R3： 5 ’ ‑CGAATTTCGCTGCGCTCATC ‑3’； 所述拷贝数变异类型是根据2‑ΔΔCt将定量结果分为的三类： 2‑ΔΔCt>1为多拷贝型； 2‑ΔΔCt ＝1为正常型； 2‑Δ ΔCt<1为缺失型。权　利　要　求　书 1/1 页 2 CN 114774538 B 2一种检测人TMLHE基因拷贝数缺失的方 法及试剂盒 技术领域 [0001]本发明是涉及 基因片段检测技术领域， 具体地， 涉及一种检测人TMLHE基因拷贝数 缺失的方法及试剂盒。 背景技术 [0002]拷贝数变异 （CNVs） 是一种基因组亚显微水平结构的变异类型， 是指基因组DNA中 较大片段的插入、 缺 失或重组的现象， 涉及的基因片段大小 可在几百b p到数Mb之间， 包括拷 贝数增加、 减少或改变， 有些拷贝 数变异通过改变基因序列和含量来影响基因表达， 造成表 型差异。 [0003]三甲基赖氨酸羟化酶 （TMLHE） 基因是一种蛋白质 编码基因， 与三 甲基赖氨酸羟化 酶相关的疾病包括自闭症和支链酮酸脱氢酶激酶缺陷症， 其相关途径包括肽链延 长和支链 氨基酸分解代谢。 该基因编 码的蛋白质三甲基赖氨酸双加氧酶是肉碱生物合成途径中的第 一个酶， 编码的蛋白质将三甲基赖氨酸转化为羟基三甲基赖氨酸， 该基因缺失会导致人体 血浆和尿液中缺乏蛋白质并积聚三甲基赖氨酸。 [0004]自闭症谱系障碍 （ASD） 是一组常见但异质性的神经发育障碍， 其特征是社交和沟 通障碍、 刻板行为和受限兴趣， 迄今为止， 所有与自闭症谱系障碍相关的突变或拷贝 数变异 都很罕见。 [0005]Celestine ‑Soper等人通过大量实验研究发现三甲基赖氨酸羟化酶缺乏可能是 ASD的一个危险因素， 并就该发现于2011年在 《Hum  Mol Genet》 上发表相关文章， 阐述使用 阵列CGH检测自闭症家族基因组中的外显子拷贝数变异检测TMLHE中的新缺 失， 后又于2012 年10月在 《美国国家科学院学报》 上发表文章阐述肉碱生物合 成中常见的X连锁的先天性错 误可能是非肌型自闭症的风险因素， 作者通过染色体微阵列分析发现， 在表型包括严重智 力残疾的最严重病例中， 有高达25%的病例可检测到三甲基赖氨 酸羟化酶变异体， 主要体现 在2号外显子 当中， 由此推断三甲基赖氨酸羟化 酶基因的2 号外显子缺 失是ASD的危险因素， 存在于约1/350  的男性中， 外显率估计为  2‑4%； 此外， 有多项研 究表明三甲基赖氨酸羟化 酶基因的1 ‑8号外显子的各类重复、 缺失不同程度的与AS D相关。 [0006]现有技术证实三甲基赖氨酸羟化酶基因缺失的手段多为染色体微阵列分析及阵 列比较基因组杂交， 操作较复杂且成本较高。 发明内容 [0007]针对现有技术存在的不足， 本发明目的是提供一种检测 人TMLHE基因拷贝数缺失 的方法及试剂盒， 以解决上述背景技 术中提出的问题。 [0008]为了实现第一个目的， 提供一种检测人TMLHE基因拷贝数缺失的方法， 本 发明通过 如下技术方案实现。 [0009]一种检测人TMLHE基因拷贝数缺失的方法： 以人基因组DNA为模板， 以引物对 TMLHE‑CNV1和TMLHE ‑CNV2为引物， 通过荧光半定量PCR分别扩增TMLHE基因的两个拷贝数变说　明　书 1/5 页 3 CN 114774538 B 3