(19)国家知识产权局 (12)发明 专利申请 (10)申请公布号 (43)申请公布日 (21)申请 号 202280002538.9 (22)申请日 2022.06.21 (85)PCT国际申请进入国家阶段日 2022.08.22 (86)PCT国际申请的申请数据 PCT/CN2022/100027 2022.06.21 (71)申请人 中国海洋大学 地址 266003 山东省青岛市 市南区鱼山路5 号中国海 洋大学 (72)发明人 曾启繁　王浩　包振民　陆维　 赵宝军　滕铭轩　赵明洋　 (74)专利代理 机构 北京识然知识产权代理事务 所(普通合伙) 11975 专利代理师 曾庆国(51)Int.Cl. C12Q 1/6888(2018.01) C12Q 1/6869(2018.01) C12N 15/11(2006.01) G16B 20/30(2019.01) G06K 9/62(2022.01) (54)发明名称 一种基于特征SNP标记的凡纳滨对虾养殖品 种鉴定方法 (57)摘要 本发明提供一种基于特征SNP标记的凡纳滨 对虾养殖品种鉴定方法， 在提供凡纳滨对虾品种 及群体间的特征SNP标记集的基础上， 在分子水 平上建立一种鉴定凡纳滨对虾的遗传背景和品 种来源的方法； 所述的SNP标记集合， 其中的SNP 位点是位于序列为SEQ  IDNO:1‑14974的任意序 列的第36位。 本发明使用的SNP标记是全基因组 尺度SNP数据集,不同于以往的基因组特定区域 内的分子标记， 对样品来源鉴定更加精准。 本发 明将主成分分析应用到样品聚类， 使用特征向量 表征样本之前的差异， 实现了样品聚类模糊结果 的数据量化。 本发明利用R脚本对样本聚类结果 进行可视化， 利用95％的置信区间， 划分样本归 属的品种， 使分类结果更加直观。 权利要求书1页 说明书6页 序列表（电子公布） 附图1页 CN 115298329 A 2022.11.04 CN 115298329 A 1.一种SNP标记集合， 其特征在于， 所述的SNP标记集合 中的SNP位点位于序列为SEQ  ID  NO:1‑14974中的任一序列的第3 6位。 2.权利要求1所述的SNP标记集 合在鉴定凡纳滨 对虾的品种来源中的应用。 3.权利要求1所述的SNP标记集 合在凡纳滨 对虾遗传育种中的应用。 4.一种鉴定凡纳滨对虾品种来源的方法， 其特征在于， 所述的方法是使用权利要求1所 述的SNP标记集 合作为分子标记来进行鉴定凡纳滨 对虾品种来源。 5.如权利要求 4所述的方法， 其特 征在于， 所述的方法为主成分聚类分析 方法。 6.如权利要求5所述的方法， 其特 征在于， 所述的方法包括如下的步骤： 步骤1)： 利用权利 要求1所述的SNP标记集合， 获取待测 样本的每个SNP位点对应的基因 表； 步骤2)： 准备主成分 分析的输入文件， 所述的文件 包括参考集和测试集； 步骤3)： 主成分 分析确定特 征向量； 步骤4)： 特 征向量可视化， 确定品种来源。权　利　要　求　书 1/1 页 2 CN 115298329 A 2一种基于特征SNP标记的凡纳滨对虾养殖品种鉴定方 法 技术领域 [0001]本发明属于水产养殖分子标记技术领域， 具体涉及一种基于特征SNP标记的凡纳 滨对虾养殖品种鉴定方法。 背景技术 [0002]凡纳滨对虾(Litopenaeus  vannamei或Penaeus  vannamei)， 又称南美白对虾， 属 于节肢动物门， 软甲纲， 对虾科、 滨对虾属动物。 凡纳滨对虾体 色为青蓝 色或淡青灰色， 自然 分布于墨西哥的索诺拉到 秘鲁北部的通贝斯 东太平洋海域。 [0003]凡纳滨对虾自上世纪70年代开始在美洲进行人工养殖， 最初是通过人工捕获野生 已经交配过的亲虾进 行孵化， 产生无节幼体进行人工养殖。 随着养殖规模的扩大， 其无特定 病原体(Specific ‑pathogen ‑free， SPF)的虾苗技术在夏威夷、 佛罗里达等地快速发展。 由 于其生长速度快和抗逆性强， 凡纳滨对虾于上个世纪80年代末引入亚洲各地， 并逐渐发展 为当今最重要的水产养殖物种之一， 具有极大的经济价 值。 [0004]伴随着凡纳滨对虾产业的快速发展， 对于优质种苗的需求越来越高。 而 随着常年 的捕捞， 在世界范围内野生凡纳 滨对虾的种质资源都受到破坏； 在这种情况下， 对虾养殖业 开始发展遗传改良和良种选育研究。 相比于野生苗种， 人工选育的优良苗种的后代表现出 更好的生长 速度和抗病性。 [0005]凡纳滨对虾自1988年引进中国， 已经过几十年的本地化养殖。 目前我国每年仍需 从国际进口亲虾超过50万对。 而进口的凡纳滨对虾的种虾不仅价格昂贵， 而且存在 品质良 莠不齐、 遗传 背景不清晰等问题。 因此， 鉴定亲虾的品种和来源对于凡纳 滨对虾养殖业的持 续发展至关重要。 [0006]然而不同来源的对虾的外观差异较小， 仅凭技术人员的养殖经验无法对来源进行 判断。 因此需要提供一种更有效的凡纳滨 对虾品种鉴定方法。 发明内容 [0007]本发明的目的是提供一种基于特征SNP标记的凡纳滨对虾养殖品种鉴定方法， 即 在提供凡纳滨对虾品种及群体间的特征SNP标记集的基础上， 在分子水平上建立一种鉴定 凡纳滨对虾的遗传背景和品种来源的方法。 [0008]本发明首先提供一种SNP标记集合， 所述 的SNP标记集合中的SNP位点是位于序列 为SEQ ID NO:1‑14974的任意序列的第3 6位； [0009]本发明所提供的SNP标记集 合， 其一种用途是用于鉴定凡纳滨 对虾的品种来源； [0010]本发明还提供一种鉴定凡纳滨对虾品种来源的方法， 是使用上述的SNP标记集合 作为分子标记来进行检测； [0011]所述的方法， 作为实施例的具体记载， 为基于主成分聚类分析方法， 包括如下的步 骤： [0012]步骤1)利用上述的SNP标记集 合， 获取待测样本的每 个SNP位点对应的基因表；说　明　书 1/6 页 3 CN 115298329 A 3