(19)国家知识产权局 (12)发明 专利申请 (10)申请公布号 (43)申请公布日 (21)申请 号 202210672288.1 (22)申请日 2022.06.14 (71)申请人 江苏省海 洋水产研究所 地址 226007 江苏省南 通市教育路31号 (72)发明人 张志伟　卫明亮　王月　陈自强　 张殿昌　张志勇　沈明军　林志杰　 曹广勇　 (74)专利代理 机构 南京业腾知识产权代理事务 所(特殊普通 合伙) 32321 专利代理师 李静 (51)Int.Cl. C12Q 1/6888(2018.01) C12Q 1/6858(2018.01) C12N 15/11(2006.01) (54)发明名称 一种与黑鲷耐低温性状相关的SNP标记及其 应用 (57)摘要 本发明涉及一种与黑鲷耐低温性状相关的 SNP标记， 所述SNP标记为黑鲷SCD1 ‑a基因序列的 第3125位碱基， 该碱基为A或T； 所述SCD1 ‑a基因 的核苷酸序列如SEQ  ID No.1所示； 所述SNP标记 位点的AA基因型个体在相同养殖条件下的低温 耐受时间显著高于TT基因型个体。 利用本发明提 供的SNP标记及其检测引物可检测黑鲷耐低温的 性状， 该方法准确可靠、 操作简单， 能够有效、 快 速的筛选 出符合要求的性状， 辅助早期实现短时 间、 低成本的选育出耐受低温的黑鲷的个体， 进 而增加优良品质的黑鲷数量， 培育黑鲷耐低温品 种， 提高黑鲷的养成率， 缩短养殖周期， 进而 提高 黑鲷产量， 促进其可持续健康养殖， 具有广阔的 应用前景。 权利要求书1页 说明书6页 序列表4页 附图1页 CN 114959063 A 2022.08.30 CN 114959063 A 1.一种与黑鲷耐低温性状相关的SNP标记， 其特征在于， 所述SNP标记为黑鲷SCD1 ‑a基 因序列的第3125位碱基， 该碱基为A或T； 所述SCD1 ‑a基因的核苷酸序列如SEQ  ID No.1所 示； 所述SNP标记位点的AA基因型个体在相同养殖条件下的低温耐受时间显著 高于TT基因 型个体。 2.权利要求1所述SNP标记作为检测靶标在鉴定或筛选具有耐低温性状的黑鲷品种中 的应用。 3.一种用于检测权利要求1所述与黑鲷耐低温性状相关的SNP标记的引物对， 其特征在 于， 包括SCD1 ‑a‑3125‑F和SCD1‑a‑3125‑R， 所述SCD1 ‑a‑3125‑F的序列如SEQ  ID No.2所示， 所述SCD1 ‑a‑3125‑R的序列如SEQ  ID No.3所示。 4.权利要求 4所述引物对在鉴定或筛 选具有耐低温性状的黑鲷品种中的应用。 5.一种检测黑鲷耐低温性状的方法， 其特征在于， 提取待测的黑鲷的基因组DNA， 并以 基因组DNA为模板， 利用权利要求3所述引物对进行PCR扩增， 获得PCR扩增产物； 对PCR扩增 产物进行测序， 根据测序结果确定SNP标记的基因型， 当SNP标记的基因型为AA基因型时， 则 待测的黑鲷品种具有耐低温性状。 6.如权利要求5所述检测黑鲷耐低温性状的方法， 其特征在于， 所述PCR扩增的条件为： 预变性94℃， 5min； 变性94℃， 30s， 退火55℃， 30s， 延伸72℃， 30s， 重复32个循环； 循环外延 伸72℃， 7mi n。权　利　要　求　书 1/1 页 2 CN 114959063 A 2一种与黑鲷耐低温性状相关的SNP标记及其应用 技术领域 [0001]本发明属于水产动 物分子标记辅助育种技术领域， 具体涉及一种与黑鲷耐低温性 状相关的SNP标记及其应用。 背景技术 [0002]黑鲷(Acanthopagrus  schlegelii)隶属鲈形目(Perciformes)鲷科(Spar idae)棘 鲷属， 因其具有广温、 广盐等特性， 在我国沿海地区均有分布， 是我国沿海重要的海水养殖 经济鱼类。 黑鲷适宜的生存 水温为15～25℃， 当水温低于5℃则无法长期生存。 因此， 在江苏 等地区进 行养殖时， 大部 分黑鲷无法进 行自然越冬。 为了促进黑鲷养殖业的发展， 增强黑鲷 的越冬能力， 对黑鲷耐低温品种进行选 育就显得非常重要。 [0003]传统的耐低温黑鲷的选育方法依赖于表型选择， 具有周期长、 不稳定等不利因素。 分子育种， 即分子标记辅助选择育种， 是指利用DNA分子标记对育种材料进行选择的技术， 分子育种方法根据有效的分子标记进行后备亲本选择， 能更快速地提升子代的经济性状。 SNP(Single  Nucleotide  Polymorphism)是指基因组上单核苷酸的多态性， 是目前应用最 广、 最新的分子标记。 目前， 有关黑鲷 耐低温的分子标记开发的研究较少， 并且产业中缺乏 可应用于辅助育种的分子标记。 因此， 开发耐低 温性状相关分子标记对培育黑鲷耐低 温品 系和健康养殖 具有重要的意 义。 [0004]硬脂酰辅酶A去饱和酶 ‑1(stearoyl‑CoA desaturase ‑1,SCD1)作为单不饱和脂肪 酸合成的限速酶， 是调节细胞膜中不饱和 脂肪酸比例的关键基因之一。 在对SCD1基因的进 一步研究中发现， SCD1基因在大黄鱼和鲤中存在两种亚型scd1a和scd1b， 在不同的低温胁 迫条件下， 两种亚型呈现出不同的调节方式， 说明不同刺激下可能存在不同的调节机制。 目 前， 本课题组在前期实验的过程中已在黑鲷的肝脏中成功克隆出scd1a基因、 sc d1b基因的 cDNA序列， 并通过q ‑PCR研究发现scd1 a基因在黑鲷低温耐受群体和非耐受群体中的表达存 在显著差异。 本发明旨在运用发现的scd1a基因在黑鲷的低温耐受群体和非耐受群体中出 现的单碱基差异， 筛选出黑鲷低温耐受个体， 为培育黑鲷耐低温品种提供一种简 便、 可行的 方法。 发明内容 [0005]本发明的目的在于解决采用传统耐低温黑鲷的选育方法存在的不足， 提供一种与 黑鲷耐低温性状相关 的SNP标记， 可以通过鉴定该SNP标记来筛选具有耐低温性状的黑鲷， 有助于黑鲷耐低温新品系的培 育及养殖业发展。 [0006]为实现上述发明目的， 本发明采用以下技 术方案予以实现： [0007]一种与黑鲷耐低温性状相关的SNP标记， 所述SNP标记为黑鲷SCD1 ‑a基因序列的第 3125位碱基， 该碱基为A或T； 所述SCD1 ‑a基因的核苷酸序列如SEQ  ID No.1所示； 所述SNP标 记位点的AA基因型个 体在相同养殖 条件下的低温 耐受时间显著高于T T基因型个 体。 [0008]上述SNP标记作为检测靶标在鉴定或筛 选具有耐低温性状的黑鲷品种中的应用。说　明　书 1/6 页 3 CN 114959063 A 3