(19)国家知识产权局 (12)发明 专利申请 (10)申请公布号 (43)申请公布日 (21)申请 号 202210602891.2 (22)申请日 2022.05.30 (71)申请人 中国农业科 学院兰州畜牧与兽药研 究所 地址 730050 甘肃省兰州市七里河区硷沟 沿335号 (72)发明人 郭婷婷　袁超　刘建斌　岳耀敬　 卢曾奎　牛春娥　李建烨　孙晓萍　 马炳洁　杨博辉　 (74)专利代理 机构 北京力量专利代理事务所 (特殊普通 合伙) 11504 专利代理师 毛婷 (51)Int.Cl. C12Q 1/6888(2018.01) C12Q 1/6858(2018.01)C12Q 1/6869(2018.01) C12N 15/11(2006.01) (54)发明名称 一种与细毛羊羊毛纤维直径相关的SNP位点 组合及其应用 (57)摘要 本发明属于生物 技术领域， 具体涉及一种 与 细毛羊羊毛纤维直径相关的SNP位点组合及应 用。 本发明提供了与细毛羊羊毛纤维直径相关的 33个SNP位点组合， 所述SNP位点基于绵羊v 4.0基 因组序列比对确定； 本发明提供了检测SNP位点 组合的基因型的试剂在检测细毛羊羊毛纤维直 径或细毛羊分子标记辅助育种中的应用； 以及基 于该位点组合形成的分子探针组合、 基因芯片、 试剂盒， 利用本发明提供的位点组合及分子探针 组合、 基因芯片、 试剂盒能对细毛羊个体的羊毛 纤维直径进行分析， 对早期 难以度量的细毛羊羊 毛纤维直径性状进行个体选择， 缩短世代间隔， 加速育种进程， 节约育种成本， 为今后细毛羊的 鉴定、 保种和分子 遗传育种提供支撑 。 权利要求书1页 说明书24页 附图1页 CN 114990226 A 2022.09.02 CN 114990226 A 1.一种与细毛羊羊毛纤维直径相关的33个SNP位点组合， 其特征在于， 所述33个SNP位 点组合基于绵羊v4.0基因组序列比对确定； 分别为： 位于chr  1第203825947位， 其脱 氧核苷 酸为C或A； 位于chr  1第226733906位， 其脱氧核苷酸为C或T； 位于chr  3第45470146位， 其脱 氧核苷酸为A或C； 位于chr  4第68142771位， 其脱氧核苷酸为C或G； 位于chr  5第93335425 位， 其脱氧核苷酸为C或T； 位于chr  5第93344882位， 其脱氧核苷酸为C或T； 位于chr  5第 93387255位， 其脱氧核苷酸为C或T； 位于chr  5第93391985位， 其脱氧核苷酸为G或A； 位于 chr 5第93392877位， 其脱氧核苷酸为C或T； 位于chr  5第93393426位， 其脱氧核苷酸为A或 G； 位于chr  5第93507537位， 其脱氧核苷酸为A或C； 位于chr  6第25952072位， 其脱氧核苷酸 为T或A； 位于chr  6第37126564位， 其脱氧核苷酸为T或C； 位于chr  10第51739 659位， 其脱氧 核苷酸为 G或A； 位于chr  11第8917643位， 其脱氧核苷酸为C或A； 位于chr  12第25119445位， 其脱氧核苷酸为G或A； 位于chr  12第25120732位， 其脱氧核苷酸为C或G； 位于chr  12第 25135944位， 其脱氧核苷酸为A或G； 位于chr  12第25149517位， 其脱氧核苷酸为C或A； 位于 chr 12第25152554位， 其脱氧核苷酸为T或A； 位于chr  12第25154575位， 其脱氧核苷酸为C 或T； 位于chr  12第2515532 5位， 其脱氧核苷酸为T或C； 位于chr  12第362929 09位， 其脱氧核 苷酸为G或A； 位于chr  12第78576808位， 其脱氧核苷酸为T或C； 位于chr  15第68745093位， 其脱氧核苷酸为C或T； 位于chr  20第25185724位， 其脱氧核苷酸为C或T； 位于chr  20第 37863763位， 其脱氧核苷酸为C或T； 位于chr  20第44119346位， 其脱氧核苷酸为G或A； 位于 chr 22第46988971位， 其脱氧核苷酸为G或A； 位于chr  22第47002481位， 其脱氧核苷酸为A 或C； 位于chr  22第50203275位， 其脱氧核苷酸为 G或A； 位于chr  25第13791395位， 其脱氧核 苷酸为T或C； 位于 chr26第40609491位， 其脱氧核苷酸 为C或T。 2.检测权利要求1所述与细毛羊羊毛纤维直径相关的33个SNP位点组合的试剂在检测 与细毛羊 羊毛纤维直径或在 细毛羊分子标记辅助育种中的应用。 3.如权利要求2所述的应用， 其特征在于， 所述试剂包括所述试剂包括用于检测所述 SNP位点组合的分子 探针组合。 4.一种分析细毛羊羊毛纤维直径性状的分子探针组合， 其特征在于， 所述分子探针组 合检测如权利要求1中所述的与细毛羊 羊毛纤维直径相关的3 3个SNP位 点组合。 5.一种分析细毛羊羊毛纤维直径性状的基因芯片， 其特征在于， 所述基因芯片负载有 权利要求 4所述的分析细毛羊 羊毛纤维直径性状的分子 探针组合。 6.一种分析细毛羊羊毛纤维直径性状的试剂盒， 其特征在于， 所述试剂盒包括权利要 求4所述的分析细毛羊羊毛纤维直径性状的分子探针组合或权利要求5所述的分析细毛羊 羊毛纤维直径性状的基因芯片。 7.如权利要求4所述的分子探针组合， 或权利要求5所述的基因芯片， 或权利要求6所述 的试剂盒在细 毛羊羊毛纤维直径性状评价， 或在细毛羊品种筛选， 或在细 毛羊品种鉴定， 或 在细毛羊分子标记辅助育种中的应用。 8.分析细毛羊羊毛 纤维直径性状的方法， 其特征在于， 所述方法为： 检测待测细毛羊的 基因组DNA 中如权利要求1所述的与细毛羊羊毛纤维直径相关的33个SNP位点基因型； 对照 细毛羊基因组DNA的所述33个SNP位点基因型进 行比较， 根据基因型检测结果判断细毛羊的 羊毛纤维直径性状。权　利　要　求　书 1/1 页 2 CN 114990226 A 2一种与细毛羊 羊毛纤维直径相关的SNP位点组合及其应用 技术领域 [0001]本发明属于基因育种技术领域， 具体涉及一种与细毛羊羊毛纤维直径相关的SNP 位点组合及其应用。 背景技术 [0002]绵羊(Ovis  aries)是一种具有重要农业和生物 学意义的家畜， 它作为最早被驯化 的动物之一， 为人类提供肉、 奶、 羊毛和羔皮等， 在 全球农业经济中发挥着 至关重要的作用。 羊毛是优质纺织原料的来源， 对国民经济具有重大作用。 [0003]我国拥有丰富的毛用绵羊品种资源。 羊毛是一种天然的高性能材料， 具有防污、 柔 软、 防晒、 保暖和透气等多种特性。 因此， 羊毛在纺织加工中占有重要地位。 羊毛质量由纤维 直径、 纤维长度、 卷曲、 颜色和髓质百分比决定。 纤维直径通常与羊毛加工性能相关， 并决定 其最终用途。 上述羊毛性状受遗传和非遗传因素 的共同影响。 纤维直径作为细毛羊重要经 济性状之一， 通常占羊毛单位 价值的75％ –80％。 [0004]纤维直径是羊毛质量和价值的主要决定因素。 平均纤维直径是可测量的最重要的 原毛性能之一。 因此， 平均纤维直径是含脂羊毛价格的重要决定因素。 纤维直径也是少数在 加工过程中基本保持不变的原毛参数之一。 直径限制了可以从给定原材料纺出的纱线厚度 (支数)， 对于给定的纱线支数， 纱线的各种物理特性， 例如弯曲刚度和伸长率， 均取决于其 组成纤维直径。 为了探究细毛羊纤维直径相关的遗传特征， 本发现选择采用应用广泛的分 子遗传标记方法。 [0005]分子遗传标记 方法(Molecular  Genetic Markers)是以个体遗传物质内核苷酸序 列变异为基础的遗传标记， 是DNA水平遗传多态性的直接反应。 它具有显著的优越性， 如生 物发育的不用阶段， 不同组织的DNA均可用于遗传标记分析； 基因组变异丰富； 检测 手段简 单快捷， 易实现自动化处理等。 分子遗传标记目前应用广泛的有RFLP(Restriction   Fragment  Length Polymorphism， 限制性片段长度多态分析技术)、 RAPD(Random   Amplified  Polymorphi sm DNA， 随机引物扩增多态性DNA技术)、 AFLP(Amplified  Fragment   Length Polymorphism， 扩增片段长度多态性分析技术)以及SNP(Single ‑nucleotide   polymorphisms， 单核苷酸多态性)等。 其中， SNP是研究人类家族和动植物 品系遗传变异的 重要依据， 因此常被广泛应用于群体遗传学研究和疾病相关的基因探究。 近年来， SNP常在 动物遗传学分析和遗传育种中发挥着重要作用， 因此， 家畜遗传育种也常借助SNP来加速传 统育种技 术的革新， 建立创新型的育种理论与体系。 [0006]目前， 可以进行SNP基因型分型的技术有很多， 本 发明主要选用了博瑞迪生物技术 公司的GenoBaits(基于液相探针杂交的靶向基因捕获技术方案)和GenoPlexs(基于多重 PCR的靶向基因捕获技术方案)的靶向基因捕获测序技术体系。 GenoBaits主要应用于全基 因选择、 全基因组关联分析和遗传图谱构建。