(19)国家知识产权局 (12)发明 专利申请 (10)申请公布号 (43)申请公布日 (21)申请 号 202210589485.7 (22)申请日 2022.05.27 (71)申请人 南京农业大 学 地址 211225 江苏省南京市溧水区白马镇 国家农业科技园南京农业大 学基地 (72)发明人 李齐发　蔺成刚　王思琪　杜星　 吴望军　姚望　 (74)专利代理 机构 南京天华专利代理有限责任 公司 32218 专利代理师 徐冬涛　李晓峰 (51)Int.Cl. C12N 15/113(2010.01) C12Q 1/6888(2018.01) C12Q 1/6858(2018.01) C12N 15/11(2006.01) (54)发明名称 一种与猪总产仔数性状相关的lncRNA因果 突变位点及其应用 (57)摘要 本发明公开了一种与猪总产仔数性状相关 的lncRNA因果突变位点及其应用， 该突变位点位 于如SEQ ID NO.1所示的猪lnc ‑NORHA基因核心 启动子的第33位碱基上， 该位点为C>G单碱基突 变， 该位点在母猪群体中存在CC和CG  2种基因 型， CC型经产母猪总产仔数比CG型母猪高。 本发 明所述突变位点与总产仔数性状显著关联， 采用 简便的基因分型技术检测该位点， 便可在早期选 留高繁后备母猪， 这对高繁后备母猪的早期精准 选择、 减少后备母猪群体规模以节本增 效、 保障 繁殖猪群和后续商品猪群生产性能， 以及在非瘟 常态化条件下降低风险等具有重要价 值。 权利要求书1页 说明书4页 序列表1页 附图3页 CN 114807143 A 2022.07.29 CN 114807143 A 1.如SEQ ID NO.1所示的猪l nc‑NORHA基因核心启动子 。 2.一个与母猪总产仔数性状显著关联的突变位点， 其特征在于， 该突变位点位于如SEQ   ID NO.1所示的猪lnc ‑NORHA基因核心启动子的第33位碱基上， 该位点为C>G单碱基突变， 该 位点在母猪 群体中存在C C和CG 2种基因型， C C型经产母猪总产仔数比CG型母猪高。 3.用于检测猪基因组中是否存在权利要求2所述突变位点的特异性引物对， 其特征在 于,该特异性引物对的正反向引物如SEQ  ID NO.2和SEQ  ID NO.3所示。 4.一种检测猪基因组中是否存在权利要求2所述突变位点的方法， 其特征在于， 利用设 计的特异性引物对SEQ  ID NO.2和SEQ  ID NO.3对猪基因组DNA进行PCR扩增， 对扩增产物进 行直接测序， 鉴定不同基因型。 5.一种高繁后备母猪早期精准选择方法， 其特征在于， 采用特异性引物对SEQ  ID NO.2 和SEQ ID NO.3对猪基因组DNA进行PCR扩增， 对PCR扩增产物测序分型， 选留CC基因型后备 母猪。 6.权利要求2所述的突变位点在高繁后备母猪早期精准选择或者在制备高繁后备母猪 早期精准选择 试剂盒中的应用。 7.权利要求3所述的特异性引物对在检测权利要求2所述 突变位点中的应用。 8.权利要求3所述的特异性引物对在高繁后备母猪早期精准选择或者在制备高繁后备 母猪早期精准选择 试剂盒中的应用。权　利　要　求　书 1/1 页 2 CN 114807143 A 2一种与猪总产仔数性状相关的lncRNA因果突变位点 及其应用 技术领域 [0001]本发明属于分子生物学领域， 涉及猪lncRNA  NORHA基因核心启动子序列、 与猪总 产仔数性状显著关联的因果 突变位点及其应用。 背景技术 [0002]后备母猪是生猪养殖场的未来， 后备母猪的质量直接决定了繁殖猪群和后续商品 猪群的生产性能。 选择优质后备母猪是生猪生产链的关键一环， 不仅可以实现繁殖猪群的 有效更新  (母猪每年更新率为40％左右)， 维持繁殖猪群结构的稳定、 确保繁殖猪群较高生 产水平， 而且还可以实现商品猪群生产性能最大化， 提高猪场总体经济效益。 为了选择到优 质的后备母猪， 一般情况下后备母猪群体规模均较大， 约为最 终选留数的3倍。 因此， 后备母 猪的早期 选留， 对于降低后备母猪群体规模， 节省一部 分培育费用、 降低成本等均具有重要 意义。 对于一些早期表现出现的性状， 如断奶窝重、 新生仔猪成活率、 初生重、 有效乳头数和 遗传缺陷等， 比较容易进行早期选择。 但也有部分生产性能特别是繁殖性能在后备母猪早 期阶段还无法测定， 这就给后备母猪的选留造成了极大 的困难。 基于遗传标记的基因组选 择技术是实现后备母猪早期 选留的可靠方案， 仔猪出生3日龄 即可采样 检测， 而14日龄就可 实施第一次基因组选择。 有研究指出， 利用基因组技术进行早期选择， 准确性与基于性能测 定的常规育种相当， 但远高于传统的系谱指数准确性。 但基因组选择需要 大量的遗传标记， 但目前鉴定的遗传标记主要集中在蛋白编码基因上， 特别是功能已知的可靠遗传标记较 少。 另外， 与母猪繁殖性状显著关联的、 长链非编码RNAs(long  non‑coding RNAs， lncRNAs) 上的遗传标记还 未见报道。 本课题组前期证实lncRNA  NORHA是猪卵巢颗粒细胞凋亡和卵泡 闭锁 (母猪繁殖力限制因素)的关键调节因子， 且位于一个母猪繁殖性状的数量性状位点   (quantitative  trait loci， QTL)内， 说明其可能与母猪繁殖力有关。 但目前尚未在lncRNA NORHA基因上发现与母猪繁殖性状关联的突变位 点。 发明内容 [0003]本发明的目的在 于提供一种猪lncRNA  NORHA基因核心启动子序列、 一个与母猪总 产仔数性状显著关联 的因果突变位点， 因果突变位点检测 技术， 和高繁后备母猪的早期精 准选择方法。 [0004]本发明的另一目的在于提供上述因果突变位点在高繁后备母猪早期精准选择中 的应用。 [0005]本发明的目的可以通过以下技 术方案实现： [0006]猪lncRNA NORHA基因核心启动子序列， 含有15 0个核苷酸， 如SEQ  ID NO.1所示。 [0007]一个与母猪总产仔数性状显著关联的突变位点， 该突变位点位于如SEQ  ID NO.1 所示的猪lncRNA  NORHA基因核心启动子的第33位碱基上， 即7号染色体参考基因组的   100136246核苷酸处， 该位点为C>G单碱基突变， 故命名为rs100136246； 该位点在母猪群体 中存在CC和CG  2种基因型， CC型母猪总产仔数比CG型母猪高， 其中CC型母猪总产仔数比CG说　明　书 1/4 页 3 CN 114807143 A 3