(19)国家知识产权局 (12)发明 专利申请 (10)申请公布号 (43)申请公布日 (21)申请 号 202210586817.6 (22)申请日 2022.05.27 (71)申请人 南京农业大 学 地址 211225 江苏省南京市溧水区白马镇 国家农业科技园南京农业大 学基地 (72)发明人 李齐发　王思琪　杜星　吴望军　 增强　 (74)专利代理 机构 南京天华专利代理有限责任 公司 32218 专利代理师 徐冬涛　李晓峰 (51)Int.Cl. C12N 15/113(2010.01) C12Q 1/6888(2018.01) C12N 15/11(2006.01) (54)发明名称 一种与母猪总产仔数性状关联的突变位点 及其应用 (57)摘要 本发明公开了猪miR ‑23a基因核心启动子序 列， 一个与母猪总产仔数性状显著关联的突变位 点， 该位点位于猪miR ‑23a基因核心启动子2 61碱 基处(即2号染色体参考基因组65307715位核苷 酸处)， 该位点为C>T单碱基突变， TT型经产母猪 总产仔数高于CC 型和CT型母猪。 总产仔数性状是 一个低遗传力的繁殖性状， 采用常规育种技术遗 传进展较慢， 由于本发明所述突变位点与总产仔 数性状显著关联， 采用简便的基因分型技术检测 该位点， 便可选留高产母猪， 这对加快高产母本 新品系培育、 早日完成大白猪的本土化选育目标 和提高我国生猪种业核心竞争力等具有重要价 值。 权利要求书1页 说明书4页 序列表1页 附图2页 CN 114875028 A 2022.08.09 CN 114875028 A 1.如SEQ ID NO.1所示的猪miR ‑23a基因核心启动子 。 2.一个与母猪总产仔数性状显著关联的突变位点， 其特征在于， 该突变位点位于如SEQ   ID NO.1所示的猪miR ‑23a基因核心启动子的第261位碱基上， 该位点为C>T单碱基突变， 该 位点在母猪群体中存在CC、 CT和TT  3种基因型， TT型经产母猪总产仔数比CC型和CT型母猪 高。 3.用于检测权利要求2所述突变位点的特异性引物对， 其特征在于,该特异性引物对的 正反向引物如SEQ  ID NO.2和SEQ  ID NO.3所示。 4.一种检测猪基因组中权利要求2所述突变位点的方法， 其特征在于， 利用设计的特异 性引物对SEQ  ID NO.2和SEQ  ID NO.3对猪基因组DNA进行PCR扩增， 对扩增产物进行直接测 序， 鉴定不同基因型。 5.一种选留高繁殖力 母猪的方法， 其特征在于， 采用设计的特异性引物对SEQ  ID NO.2 和SEQ ID NO.3对猪基因组DNA进行PCR扩增， 对PCR扩增产物测序分型， 选留TT基因型高产 母猪。 6.权利要求2所述的与 经产母猪总产仔数性状显著关联的突变位点在选 留高产母猪或 辅助选育猪高产母本群体中的应用， 或者在制备选留高产母猪或辅助选育猪高产母本群体 试剂盒中的应用。 7.用于检测权利要求2所述突变位点的特异性引物对在选 留高产母猪或辅助选育猪高 产母本群体中的应用， 或者在制备选留高产母猪或辅助选育猪高产母本群体试剂盒 中的应 用。 8.根据权利 要求6所述的应用， 其特征在于， 所述特异性引物对的核苷酸序列如SEQ  ID  NO.2和SEQ  ID NO.3所示。权　利　要　求　书 1/1 页 2 CN 114875028 A 2一种与母猪总产仔数性状关联的突变位点 及其应用 技术领域 [0001]本发明属于分子生物学领域， 涉及 猪miR‑23a基因核心启动子序列、 与经产母猪总 产仔数性状显著关联的突变位 点及其应用。 背景技术 [0002]产仔数性状是一个低遗传力的繁殖性状和重要的经济性状， 产仔数的多少是影响 生猪养殖经济效益的关键因素之一。 众所周知， 对于低遗传力性状来说， 采用常规育种技术 进行选育， 遗传进展较为缓慢， 而基于遗传标记的分子育种技术(如标记辅助选择育种、 基 因组选择育种和基因编辑育种)是解决这一难题的可行方法。 但实施分子育种的前提条件 是拥有大量的可靠的遗传标记， 因此产仔数性状遗传标记的鉴定是采用分子育种技术加快 母猪产仔数性状选育遗传进展的必要条件。 目前， 采用各种 方法(候选基因法、 全基因组关 联分析和基因组重测序)在猪基因组中发现了大量的、 母猪产仔数性状的潜在候选基因， 经 大群验证的候选基因也有几十个 之多， 如ESR1、 FSHβ 、 BMPR1B、 SMARCA2和A HR等。 但这些基因 主要为蛋白编码基因， 而占基因组序列98％以上的非编码区往往被忽视了。 微小RNAs (miRNAs)是一类前体序列为70nt、 成熟序列长度仅为22nt左右的非编码RNAs， 但其5 ’调控 区序列长度与蛋白编码基因相似， 且在基因组中分布广泛、 在组织中表达丰富。 研究发现 miRNAs广泛参与猪重要 经济性状形成相关的细胞功能的调控， 如繁殖性状相关的卵巢颗粒 细胞凋亡、 肉质性状相关的脂肪细胞增殖和分化和生长性状相关的肌细胞分化等， 但目前 鉴定的与猪重要 经济性状显著关联的突变位点较少， 特别是产仔数性状相关的突变位点还 未见报道。 本验室前期发现mi R‑23a在猪卵巢颗粒细胞凋亡中发挥重要作用， 说明其与卵泡 闭锁(母猪繁殖力限制因素)有关。 但目前还未在miR ‑23a基因上发现与母猪繁殖性状关联 的突变位 点。 发明内容 [0003]本发明的目的在于提供一种猪miR ‑23a基因核心启动子序列。 [0004]本发明的另一目的在于提供一个与母猪总产仔数性状显著关联的突变位点， 以及 该突变位 点检测技 术和选育高产母本的方法。 [0005]本发明的又一目的在于提供上述突变位点在选留高产母猪、 辅助 选育高产母本群 体中的应用。 [0006]本发明的目的可以通过以下技 术方案实现： [0007]猪miR‑23a基因核心启动子序列， 由370个核苷酸组成， 其核苷酸序列如SEQ  ID  NO.1所示。 [0008]一个与母猪总产仔数性状显著关联的突变位点， 该突变位点位于如SEQ  ID NO.1 所示的猪miR ‑23a基因核心启动子的第261位碱基处， 即2号染色体参考基因组的65307715 核苷酸处， 该位点为C>T单碱基突变， 故命名为rs65307715； 该位点在母猪群体中存在3种基 因型(CC、 CT和TT)， TT型经产母猪总产仔数比CC型和CT型母猪高， 其中TT型经产母猪总产仔说　明　书 1/4 页 3 CN 114875028 A 3